W praktyce oznacza to, że po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego postępowanie wymiarowe w pierwszej, jaki i drugiej instancji podlega umorzeniu jako bezprzedmiotowa na podstawie art. 208 Ordynacji podatkowej. W takim przypadku organy podatkowe nie mogą rozstrzygać o wysokości zobowiązania podatkowego, gdyż prawo to wygasło z dniem przedawnienia tego zobowiązania. Przy czym słusznie sądy administracyjne potwierdzają także, że po upływie terminu przedawnienia organy podatkowe nie mogą wydać decyzji wymiarowej, nawet gdy zobowiązanie wcześniej wygasło poprzez zapłatę (np. wyrok NSA z 28 czerwca 2010 r., sygn. akt I FPS 5/09).

Sąd w wyroku stwierdził, że zgodnie z art. 239a Ordynacji podatkowej (w brzmieniu od 1 stycznia 2009 r.) decyzja nieostateczna nie podlega wykonaniu w drodze egzekucji administracyjnej lub w inny sposób prowadzący do zaspokojenia należności podatkowej z majątku podatnika. Czy jest to słuszne stanowisko?
Owszem. Sąd słusznie nie zgodził się z negatywną praktyką organów podatkowych polegającą na zaliczaniu nadpłaty (czy zwrotu podatku) na poczet zaległości podatkowej wynikającej z nieostatecznej decyzji, której nie został nadany rygor natychmiastowej wykonalności.
Należy wskazać, że art. 239a Ordynacji podatkowej ma charakter uniwersalny w tym znaczeniu, że odnosi się do wszystkich sposobów realizacji zobowiązań podatkowych, nie tylko wykonywanych w ramach egzekucji administracyjnej. Inne rozumienie wskazanego przepisu oznaczałoby akceptację dla obejścia przepisów o wykonalności decyzji nieostatecznych w brzmieniu od 1 stycznia 2009 r. Ponadto w takiej sytuacji naruszone zostałoby prawo podatnika jako wierzyciela z tytułu nadpłaty do bezpośredniego zwrotu tej nadpłaty (w przypadku braku dyspozycji podatnika co do zaliczenia nadpłaty na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych).
A co sąd postanowił w sprawie zapłaty podatku na podstawie decyzji?
Według sądu zapłata podatku na podstawie decyzji wymiarowej nie spowodowała wygaśnięcia zobowiązania, gdy decyzja ta została uchylona, a organ podatkowy nie wydał nowej decyzji w terminie trzech miesięcy od dnia uchylenia. W takim przypadku zapłacona kwota staje się nadpłatą podlegającą zwrotowi.