Tylko zmiany w systemie finansowym jednostek samorządu terytorialnego mogą zrekompensować gminom konieczność płacenia VAT.
Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 14839) poinformowało, że trwają pracę nad zmianami w systemie finansowania jednostek samorządu terytorialnego. Rząd w porozumieniu ze stroną samorządową Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego powołał zespół roboczy, którego zadaniem jest wypracowanie zmian w zakresie dochodów jednostek samorządu. Mają one rozwiązać m.in. problem związany z ponoszeniem przez samorządy ciężaru VAT.
Za podatnika VAT nie uznaje się organów władzy publicznej (w tym lokalnej). Nie naliczają one podatku od wykonywanych czynności, nie mogą również korzystać z prawa do odliczenia VAT zawartego w ponoszonych nakładach. Jednostki samorządowe nabywające towary lub usługi, w stosunku do których są nabywcami końcowymi, muszą ponosić ciężar tego podatku.
Jak wyjaśniło Ministerstwo Finansów, przepisy unijne nie pozwalają na preferencje w opodatkowaniu dóbr nabywanych przez gminy. Nie jest również możliwe wprowadzenie zwrotów VAT lub prawa do odliczeń podatku naliczonego niezwiązanego z czynnościami opodatkowanymi, stąd potrzebna jest modyfikacja systemu finansowania samorządów.