Od 2021 r. spółki komandytowe zostają objęte podatkiem CIT. Właściciele tych spółek mają zatem płacić podatek dochodowy podwójnie – najpierw spółka płaci CIT a następnie PIT płacą wspólnicy. Ponieważ komplementariusze mogą odliczyć od podatku PIT kwotę podatku CIT w proporcji przypadającej na wspólnika, realna stopa opodatkowania może się zmniejszyć.
Dla zmniejszenia rzeczywistej stopy podatkowej kluczowy jest przepis art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. który przewiduje, że podatek PIT (ryczałt 19%), pomniejsza się o kwotę odpowiadającą iloczynowi procentowego udziału komplementariusza w zysku spółki komandytowej i podatku CIT należnego od dochodu tej spółki.
Oznacza to, że komplementariusz spółki komandytowej (tak samo jak i spółki komandytowo – akcyjnej) odejmuje od kwoty podatku PIT podatek CIT „przypadający” na niego a płacony przez samą spółkę. Obniżenie realnej stopy podatku można zobrazować na przykładzie. Jeżeli przed nowelizacją komplementariusz osiągnął przychód z tytułu udziału w zysku spółki komandytowej w wysokości 100 zł, to płacąc podatek PIT (w większości przypadków był to podatek liniowy 19%) „na rękę” zostawało 81 zł.
Po nowelizacji od tych 100 zł spółka komandytowa musi zapłacić CIT. Jeżeli obrót tej spółki nie przekroczy 2 mln EUR, będzie to podatek w wysokości 9%. Zatem dla wspólnika „zostaje” 91 zł i kwotę tą należy opodatkować zryczałtowanym podatkiem PIT 19%. Czyli podatek PIT wyniósłby 17,29 zł. Ale dzięki przepisowi art. 30a ust. 6a u.p.d.o.f. od tego podatku (17,29 zł) odejmujemy kwotę podatku CIT (9 zł) i pozostaje podatek PIT w wysokości 8,29 zł. Więc realny podatek do zapłaty przez komplementariusza od kwoty 100 zł wyniesie 8,29 zł (podatku PIT) oraz 9 zł (podatku CIT), zatem łącznie 17,29 zł. W końcowym rozrachunku opodatkowanie spadnie z 19% do 17,29%.
Na marginesie można też zauważyć, że takiemu obniżeniu podatku nie stanie na przeszkodzie art. 30a ust. 6b u.p.d.o.f. Przepis ten stanowi, że kwota pomniejszenia (czyli podatek CIT „przypadający” na wspólnika) nie może przekroczyć kwoty zryczałtowanego podatku PIT komplementariusza. W powyższym przykładzie kwota pomniejszenia (czyli 9 zł) nie przekracza kwoty zryczałtowanego podatku (17,29 zł) – przepis ten wskazuje, że kwota tegoż zryczałtowanego podatku zostaje „obliczona zgodnie” z art. 30a ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f. a zatem w pierwotnej wysokości (jeszcze przed dokonaniem pomniejszenia). Powyższe „zjawisko” wynika z zaszłości historycznych – przepis ust. 6b został wprowadzony jeszcze w czasach, gdy obowiązywała tylko stawka 19% CIT. W przypadku zastosowania wyższej stawki podatku CIT nie dojdzie bowiem do zmniejszenia realnej wysokości opodatkowania komplementariusza.
Przepis umożliwiający pomniejszanie podatku PIT o podatek CIT dotyczy tylko komplementariuszy i dla wielu właścicieli spółek komandytowych może być to sporym problemem. Dotychczas byli oni najczęściej komandytariuszami a komplementariuszem była w wielu przypadkach utworzona w tym celu spółka z ograniczoną odpowiedzialnością. Rozwiązaniem będzie „zamiana miejsc” wspólników w ten sposób, że dotychczasowi komandytariusze staną się komplementariuszami. Oczywiście należy pamiętać, że w ten sposób zwiększy się odpowiedzialność właścicieli spółki wobec wierzycieli. Z drugiej jednak strony taką samą odpowiedzialność ponoszą np. właściciele spółek jawnych.
Zatem dotychczasowi komandytariusze muszą podjąć decyzję, czy obniżyć realny podatek z tytułu uczestnictwa w spółce komandytowej (kosztem zwiększonej ekspozycji na ryzyko), czy też pozostać w „bezpiecznej” sytuacji komandytariusza, ale kosztem podwójnego opodatkowania.