Piąta, przedostatnia część komentarza do przepisów wprowadzających ustawę o KAS obejmuje nieuwzględnione w części czwartej przepisy ustawy o podatku akcyzowym. Dotychczas stosowanie wspomnianej ustawy pozostawało w gestii Służby Celnej oraz naczelników urzędów celnych i dyrektorów izb celnych.
Obecnie ustawodawca przeniósł te kompetencje przede wszystkim na naczelników urzędów skarbowych. Przy czym, w określonych przypadkach, organem właściwym jest również naczelnik urzędu celno-skarbowego. W praktyce oznacza to konieczność każdorazowego sprawdzenia, który z tych dwóch organów jest uprawniony do podejmowania określonych czynności w zakresie akcyzy. Jednocześnie skutkuje to bardzo rozbudowanymi zmianami w dotychczas obowiązujących przepisach.
W obszarze podatku akcyzowego warto jeszcze zwrócić uwagę na dążenie ustawodawcy do przerzucania na podatników negatywnych skutków niemożności dokonania weryfikacji lub rozliczeń w tym podatku. Jako przykład można wskazać nowelizację art. 41a ust. 7 ustawy o podatku akcyzowym, gdzie na podatnika nałożono obowiązek przekazania właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego kopii dokumentu potwierdzającego złożenie zabezpieczenia akcyzowego w sytuacji, gdy teleinformatyczny system służący do obsługi przemieszczania wyrobów akcyzowych z zastosowaniem procedury zawieszenia poboru akcyzy nie funkcjonuje. Zabezpieczenie takie składa się do naczelnika urzędu celno-skarbowego, który podobnie jak naczelnik urzędu skarbowego jest organem KAS. Jednostki te nie wymienią się jednak samodzielnie informacjami, tylko ustawodawca żąda przedkładania stosownych dokumentów bezpośrednio przez podatników.