Zwolnienie kolejowe jednak nie od całych działek. Ważna uchwała NSA

Zwolnienie kolejowe z lat 2017–2021

Chodzi o nieobowiązujące już brzmienie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych. W latach 2017–2021 na podstawie tego przepisu zwolnione z podatku były grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, które udostępniono przewoźnikom kolejowym.

Później – od 2022 r. – zwolnienie zostało zawężone. Wykluczono z niego infrastrukturę prywatną. Uznano, że preferencja nie powinna dotyczyć gruntów wykorzystywanych do prowadzenia działalności niezwiązanej z kolejnictwem.

Zwolnienie kolejowe. Będą spory o obliczenia

- Obliczanie, w jakim stopniu poszczególne działki są zajęte przez infrastrukturę kolejową, z pewnością nie będzie proste. Jestem przekonany, że w tym zakresie pojawią się spory między podatnikami a organami podatkowymi – komentuje Rafał Kran z MDDP. Ekspert dodaje, że organy zapewne będą chciały powoływać geodetów i w ramach wizji lokalnych ustalać faktyczny zakres zajęcia poszczególnych nieruchomości przez infrastrukturę kolejową.

Wyrok TSUE w sprawie zwolnienia kolejowego

Kwestia związana z zakresem zwolnienia mogła się wydawać rozstrzygnięta 29 kwietnia 2025 r. Wtedy to Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej wydał orzeczenie w sprawie C-453/23. Pisaliśmy o nim w artykule „Polskie zwolnienie kolejowe było zgodne z prawem UE” (DGP nr 83/25). Zgodnie z wyrokiem TSUE zwolnienie przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych nie stanowi niedozwolonej selektywnej pomocy publicznej. Trybunał orzekł, że przepis dotyczy zwykłego zwolnienia z podatku i jest zgodny z prawem UE.

Późniejsze wyroki polskich sądów potwierdziły to stanowisko (m.in. wyroki z 6 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 1126/22 i III FSK 1085/22 i z 20 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 3/22). Naczelny Sąd Administracyjny orzekł w nich, że zwolnienie obowiązujące w latach 2017–2021 było zgodne z prawem UE. Pisaliśmy o tym w artykule „Polskie zwolnienie kolejowe było zgodne z prawem UE. Teraz mogą być spory o odsetki” (DGP nr 155/25).

Orzeczenia NSA wdrażały tezy wyroku unijnego trybunału, który dla gmin nie był korzystny. Oznaczał, że muszą one zwrócić nadpłaty podatku od nieruchomości. Eksperci podkreślają, że stanowisko wyrażone w wyroku TSUE zostało zaaprobowane przez niektóre gminy. Część samorządów zaczęła już nawet zwracać nadpłaty w podatku od nieruchomości.

Uchwała NSA. Nowy problem dotyczący zwolnienia kolejowego

Najczęściej grunty, o których mowa, mają charakter liniowy, a więc obejmują głównie elementy bocznicy. Zdarza się jednak, że działki są większe i mogą się na nich znajdować inne obiekty budowlane. W skrajnych przypadkach na dużej działce znajduje się niewielka część infrastruktury kolejowej. Tak było w sprawie, nad którą 2 września 2025 r. pochylił się NSA (sygn. akt III FSK 1020/23). Działka była duża, a infrastruktura kolejowa zajmowała ją w marginalnym zakresie (mniej niż 0,02 proc.).

Sąd kasacyjny postanowił skierować pytanie do poszerzonego składu sędziów NSA. Spytał, czy art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy obejmował w latach 2017–2021 całe grunty, czy tylko ich część faktycznie zajętą pod infrastrukturę kolejową. Innymi słowy: czy zwolnieniu podlegają całe działki.

Zwolnienie kolejowe nie dla całych działek

Z uchwały wydanej przez poszerzony skład sędziów NSA wynika, że zwolnienie kolejowe z lat 2017–2021 dotyczyło tylko tych części działek, które były faktycznie zajęte pod infrastrukturę kolejową udostępnianą przewoźnikom. Sąd kasacyjny zwrócił uwagę, że to grunty, a nie działki ewidencyjne, stanowią przedmiot opodatkowania podatkiem od nieruchomości. W związku z tym powierzchnia gruntów zajęta przez infrastrukturę kolejową (a nie cała działka) podlega zwolnieniu.

- Naczelnemu Sądowi Administracyjnemu znane są przypadki, w których na kilku, a nawet kilkunastohektarowej działce ewidencyjnej tylko znikomy procent wykorzystywany jest na umiejscowienie elementów infrastruktury kolejowej – podkreślił sędzia Krzysztof Winiarski.

Uzasadniając uchwałę, przywołał art. 107 ust. 1 traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (TFUE), z którego wynika, że wszelka pomoc przyznawana przez państwo członkowskie, która zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji poprzez sprzyjanie niektórym przedsiębiorstwom, jest niezgodna z prawem UE. Przypomnijmy, że TSUE w wyroku z 29 kwietnia 2025 r. nie wykluczył, iż w indywidualnych sprawach ocena przesłanki selektywności należy do sądu krajowego.

W ocenie NSA objęcie zwolnieniem z podatku od nieruchomości całej działki ewidencyjnej nawet wówczas, gdy na pozostałych jej fragmentach usytuowane są budynki i budowle przeznaczone do innych niż kolejowe celów gospodarczych, może zakłócać konkurencję. W takiej sytuacji dochodzi do zróżnicowania traktowania podatnika, na którego działce istnieją elementy infrastruktury kolejowej, od tego, który nie może skorzystać z przywileju w postaci zwolnienia z podatku – wynika z ustnego uzasadnienia uchwały.

- Ulga podatkowa, stanowiąc wyłom od zasady powszechności opodatkowania, nie może wykraczać poza cel, dla którego została ustanowiona – wskazał sędzia.

Uchwała NSA z 8 grudnia 2025 r., sygn. akt III FPS 3/25

Opinie

Rafał Kran, doradca podatkowy, partner w MDDP

Uchwała nie rozwiązuje praktycznych problemów

Naczelny Sąd Administracyjny wykorzystał „furtkę”, którą pozostawił TSUE w zakresie oceny aspektu dotyczącego pomocy publicznej. Faktem jest, że Trybunał w Luksemburgu w swoim rozstrzygnięciu nie odniósł się wprost do tego, czy zwolnieniu powinny podlegać całe działki, czy jedynie te ich części, które są faktycznie zajęte przez infrastrukturę kolejową. Nie można więc stwierdzić, że uchwała NSA pozostaje w sprzeczności z wyrokiem TSUE – pewien margines interpretacyjny rzeczywiście został pozostawiony.

Uchwała z pewnością nie rozwiązuje wszystkich praktycznych problemów. Konieczne będzie poczekanie na pisemne uzasadnienie, z którego będą zapewne wynikać bardziej szczegółowe wytyczne.

Spółki, którym udało się już uzyskać prawomocne decyzje, można uznać za wygrane. Natomiast w przypadkach, w których zwroty nadpłat były dokonane wyłącznie w ramach czynności materialno-technicznej, nie można wykluczyć, że organy podatkowe będą próbowały wszczynać postępowania na nowo. Podstawy do tego będą zależały od konkretnego statusu procesowego danej sprawy. Trzeba jednak pamiętać, że z końcem tego roku przedawnia się zobowiązanie podatkowe za 2020 r., co oznacza, że w wielu sprawach realnie pozostanie do wzruszenia jedynie 2021 r. jako okres, wobec którego w ogóle możliwe będzie podejmowanie działań.

Jest również grupa podatników, których postępowania nadal znajdują się na etapie organów podatkowych. Zakładam, że w takich przypadkach organy będą już uwzględniały treść uchwały.

Martin Wrbka, menedżer w Dziale Doradztwa Podatkowego KPMG

Powstaje problem z pomiarem gruntu

Uchwała NSA jest wyraźnie niekorzystna dla podatników. Rodzi również praktyczny problem techniczny – konieczne będzie dokładne pomierzenie gruntu zajętego pod infrastrukturę i odpowiedź na pytanie, jak takie zajęcie mierzyć, np. czy uwzględniać pasy bezpieczeństwa. W efekcie tam, gdzie podatnicy liczyli na zwrot podatku od całych działek, nadpłaty będą znacznie niższe, a tam, gdzie gminy zwrotów już dokonały, może powstać obowiązek ponownego zapłacenia podatku z odsetkami.

Z końcem roku przedawnia się także 2020 r., co mobilizuje gminy do działań, aby nie utracić tego okresu. W połączeniu z nowymi definicjami obowiązującymi od 2025 r. uchwała pokazuje, jak niejednolity i skomplikowany jest podatek od nieruchomości oraz jak trudna pozostaje kwalifikacja obiektów i określenie prawidłowych podstaw opodatkowania.