Krajowy System e-Faktur skomplikuje zasady odliczania VAT

A pytanie jest istotne dla wszystkich polskich podatników VAT, bo choć obowiązek wystawiania faktur przy użyciu KSeF obejmie 1 lutego 2026 r. tylko największych przedsiębiorców (których wartość sprzedaży wraz z kwotą VAT w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł), to wszyscy będą musieli już takie faktury odbierać.

Czyżby KSeF komplikował zasady odliczania VAT? Na to wychodzi – mówią eksperci.

Faktura otrzymana dziś

Przez lata nauczyliśmy się, że aby faktura krajowa z wykazanym VAT uprawniała do odliczenia podatku naliczonego, musi być otrzymana. Tak wynika z art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy i przepis ten się nie zmieni, nawet gdy wejdzie w życie KSeF. Nadal więc podatkiem naliczonym będzie suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika (np. z tytułu nabycia towarów i usług).

Otrzymana po 31 stycznia 2026 r.

Zarazem jednak 1 lutego 2026 r. wejdą w życie przepisy, które szczegółowo wskażą, kiedy faktura ustrukturyzowana jest uznana za otrzymaną przy użyciu KSeF. Przede wszystkim będzie to art. 106na ust. 3 ustawy o VAT, zgodnie z którym „faktura ustrukturyzowana jest uznana za otrzymaną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur w dniu przydzielenia w tym systemie numeru identyfikującego tę fakturę”.

– Takie doprecyzowanie należy uznać za zasadne. Mówimy bowiem o elektronicznym sposobie wystawiania i otrzymywania faktur. Brak takiego przepisu mógłby rodzić wątpliwości, kiedy nabywca właściwie fakturę otrzymał – komentuje Piotr Kępisty, doradca podatkowy, zrozumvat.pl. Zarazem jednak podkreśla, że otrzymanie faktury ustrukturyzowanej nie jest warunkiem odliczenia VAT. Art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT się bowiem nie zmienia.

Nie dla podatnika VAT

Tylko gdy faktura ustrukturyzowana zostanie wystawiona na rzecz nabywcy, o którym mowa w art. 106gb ust. 4, za datę jej otrzymania będzie uznawana data jej faktycznego otrzymania przez tego nabywcę. Chodzi o nabywców, którzy nie są podatnikami czynnymi VAT, czyli gdy np. nabywcą jest konsument (osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej) albo podmiot nieposiadający na terytorium Polski siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej. Tak samo, gdy miejscem świadczenia będzie terytorium innego państwa UE lub terytorium państwa spoza UE.

– Zagadką pozostaje, po co w art. 106ne ust. 4 ustawy o VAT uregulowano moment otrzymania faktury ustrukturyzowanej w odniesieniu do nabywców z art. 106gb ust. 4 ustawy o VAT (data faktycznego otrzymania). Przepis ten dotyczy m.in. konsumentów, którzy przecież VAT nie odliczają – zauważa Piotr Kępisty. Jego zdaniem taka regulacja jest całkowicie zbędna.

W trybie offline24

Wątpliwości dotyczą szczególnie faktur wystawionych w trybie offline24, czyli takich, które będą przesyłane do KSeF najpóźniej następnego dnia po ich wystawieniu, a nie niezwłocznie jak przy trybie online. Tryb offline24 może mieć zastosowanie np. w razie problemów z internetem, choć niekoniecznie – nie musi on wynikać z awarii po stronie podatnika, jego stosowanie może być skutkiem świadomej decyzji podatnika.

Tryb ten reguluje art. 106nda ustawy o VAT, który wejdzie w życie 1 lutego 2026 r. Z art. 106nda ust. 11 wynika, że za datę otrzymania faktury uznaje się datę przydzielenia numeru identyfikującego tę fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur. Jedynie gdy taka faktura – wystawiona w trybie offline24 – zostanie udostępniona nabywcy, o którym mowa w art. 106gb ust. 4, w inny sposób niż przy użyciu KSeF (czyli przed przesłaniem jej do KSeF), za datę otrzymania tej faktury będzie uznawana data jej faktycznego otrzymania przez nabywcę.

– Co do zasady więc z perspektywy nabywcy istotne jest, że dopóki faktura wystawiona offline24 nie zostanie przesłana do KSeF i nie zostanie jej nadany numer identyfikujący, nie będzie fakturą „otrzymaną” w rozumieniu przepisów VAT – potwierdza Ewelina Chylińska, starszy konsultant w Paczuski Taudul.

Przypomina, jak uzasadniało to Ministerstwo Finansów w trakcie konsultacji publicznych do projektu nowelizacji ustawy. Tłumaczyło, że gdyby zgodzić się na to, aby faktura wystawiona w trybie offline24 dawała prawo do odliczenia VAT przed jej przekazaniem do KSeF, prowadziłoby to do powstania drugiego obiegu dokumentów (w KSeF oraz poza KSeF), a także uzyskania prawa odliczenia VAT przed wejściem w posiadanie e-faktury przez nabywcę.

– Jednak z punktu widzenia nabywcy najważniejszym problemem praktycznym związanym z trybem offline24 jest ryzyko, że sprzedawca przekaże fakturę do KSeF z opóźnieniem albo całkowicie tego nie zrobi. W takich sytuacjach – mimo faktycznego otrzymania faktury w innej formie (np. wizualizacji PDF czy wydruku) – nabywca nie będzie mógł uznać dokumentu za „otrzymany” w rozumieniu art. 106nda ust. 11 ustawy VAT, a tym samym nie nabędzie prawa do odliczenia podatku naliczonego – zauważa ekspertka. Dodaje, że już teraz w praktyce gospodarczej występują rozbieżności pomiędzy datą wystawienia a datą faktycznego otrzymania faktury, co przesuwa moment realizacji prawa do odliczenia VAT po stronie nabywcy.

Czy to zgodne z dyrektywą VAT?

– Po wprowadzeniu obowiązkowego KSeF restrykcyjne podejście MF może prowadzić do faktycznego pozbawienia nabywcy prawa do odliczenia podatku – zauważa Ewelina Chylińska. A co w takim razie z zasadą neutralności VAT? Prawo do odliczenia podatku naliczonego powinna wyznaczać data otrzymania faktury i tego KSeF nie może zmieniać – odpowiada zdecydowanie Zdzisław Modzelewski.

Ewelina Chylińska przypomina: – Trybunał Sprawiedliwości wielokrotnie podkreślał w swoich wyrokach, że nadmierny formalizm nie może prowadzić do pozbawienia podatnika prawa do odliczenia. TSUE dopuścił możliwość odliczenia VAT mimo braku faktury (na podstawie umowy czy aktu notarialnego potwierdzającego transakcję). Kierunek ten został również potwierdzony w polskim orzecznictwie.

Na to samo zwraca uwagę Janina Fornalik, partner w MDDP: – Jeżeli organy podatkowe zakwestionują u wystawcy faktury jej format, polski nabywca nie może z tego tytułu ponosić negatywnych konsekwencji. Nie można z tego powodu odmawiać mu prawa do odliczenia podatku naliczonego – mówi ekspertka (pełna opinia w ramce).

Dyrektor KIS uspokaja

Świadomy tej niespójności jest sam dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, co widać po wydawanych przez niego interpretacjach indywidualnych. Dyrektor KIS odnosi się w nich do sytuacji, w której faktura zostanie wystawiona wbrew obowiązkowi poza KSeF. Czy nie będzie można odliczyć wynikającego z niej podatku naliczonego?

Nic podobnego, jak najbardziej będzie można go odliczyć – wynika z interpretacji z 13 października 2025 r. (sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.833.2025.2.ALN), 17 października 2025 r. (0114-KDIP1-3.4012.751. 2025.1.KAB), 20 października 2025 r. (0114-KDIP1-3.4012.739.2025.1.AMA).

Dyrektor KIS stwierdził w nich: „będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z faktur zakupowych wystawionych na Państwa rzecz przez dostawców, w tym również wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur przy założeniu, że spełnione zostaną pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego”.

Dyrektor KIS nie ma wyjścia, musi tak odpowiadać ze względu na neutralność podatkową VAT, wynikającą z unijnej dyrektywy i potwierdzoną licznymi wyrokami Trybunału Sprawiedliwości UE.

Lepiej dostać poza KSeF?

Jak zatem rozumieć przytoczone przepisy o KSeF? Czy mają one wskazać, w którym momencie nabywca ma prawo odliczenia podatku naliczonego (czyli co do zasady – nie wcześniej niż w dniu przydzielenia fakturze numeru identyfikującego w KSeF)? I czy nie okaże się, że szybciej odliczy VAT naliczony ten, kto dostanie fakturę poza KSeF, niż ten, kto dostanie ją w formacie ustrukturyzowanym? Widać to na następującym przykładzie:

Przykład

Kiedy pozwoli na to dyrektywa VAT

Ekspert podkreśla, że Polska nie dostała zgody na uregulowanie „momentu otrzymania faktury” w inny sposób, niż wynika to z dyrektywy. – Nie ma więc prawa tego regulować – mówi Zdzisław Modzelewski.

Janina Fornalik zwraca natomiast uwagę na to, że pakiet ViDA przewiduje możliwość uzależnienia prawa do odliczenia VAT w przepisach krajowych od prawidłowej faktury w wymaganej formie ustrukturyzowanej, ale ze skutkiem dopiero od 1 lipca 2030 r. ©℗

MF niepotrzebnie komplikuje system

Uważam, że znaczna część regulacji związanych z fakturą ustrukturyzowaną i KSeF jest niezgodna z dyrektywą VAT. Nie chcę powiedzieć, że więcej jest niezgodnych niż zgodnych, bo dokładnie nie liczyłem, ale mam takie ogólne wrażenie, że większość tych regulacji jest niezgodna, i to nie tylko z dyrektywą, lecz także z innymi przepisami ustawy o VAT.

Widać to na przykładzie prawa do odliczania VAT naliczonego. Przypuszczam, że resort chciał zmusić wszystkich do stosowania faktur w KSeF i w pewnym sensie chciał wykluczyć funkcjonowanie faktur poza KSeF, oczywiście w relacji firma (z NIP) – firma (z NIP). Polska nie dostała jednak zgody na uregulowanie „momentu otrzymania faktury”, więc nie ma prawa tego regulować. Ale to robi, bo przekaz już dzisiaj jest taki, że firma (z NIP) nie może przekazać faktury firmie (z NIP) w inny sposób niż w ramach KSeF (poza oczywiście przewidzianymi wyjątkami, takimi jak paragony na autostradzie).

Oczywiście udostępnianie faktur w KSeF ma swoje plusy, np. wystawiając fakturę ustrukturyzowaną w KSeF, wystawca wie, że nabywca otrzymuje ją praktycznie natychmiast, więc jakakolwiek wizualizacja papierowa lub w pdf-owa nie dotrze tak szybko do nabywcy. Należy jednak pamiętać, że KSeF nie może zmieniać zasad wystawiania i posługiwania się fakturami, bo one wynikają z dyrektywy VAT.

I tak się dzieje np. przy wystawianiu faktur w trybach offline, w tym w typowym biznesowym trybie offline24. Jeśli okazałoby się, że podatnik (nabywca krajowy z NIP) dostał fakturę poza KSeF, nawet bez QR kodów, to oczywiście na zasadach ogólnych ma prawo do odliczenia VAT naliczonego. To samo dotyczy faktur wystawionych w czasie awarii systemu, czyli też w trybie offline. Prawo do odliczenia podatku naliczonego powinna wyznaczać data otrzymania faktury i tego KSeF nie może zmieniać.

Podsumowując, Ministerstwo Finansów całkowicie niepotrzebnie komplikuje system. Wdrożenie faktury cyfrowej powinno być prostym rozwiązaniem, które nie powinno wiązać się z jakimiś dodatkowymi obostrzeniami. Natomiast rozwiązanie, które wymyśliło MF, jest tak obciążone, że wręcz wypacza sens faktury cyfrowej. Dzisiaj technicznie wystawienie faktury jest jedną z prostszych czynności w firmie, a po zmianach będzie jedną z bardziej skomplikowanych. Co gorsza, całkiem niepotrzebnie.

System fakturowania nie będzie w pełni zamknięty

Przepisy ustawy o VAT uzależniają realizację prawa do odliczenia VAT od otrzymania faktury przez nabywcę. Jednocześnie w związku z wprowadzeniem KSeF dodano szczególne zasady dotyczące momentu otrzymania faktury – należy zaznaczyć, że dotyczą one jedynie faktur ustrukturyzowanych wystawionych w KSeF (art. 106na ust. 3 i 4) oraz wystawionych w trybie offline24 i przesłanych do KSeF (art. 106nda ust. 11).

Przepisy te odzwierciedlają moim zdaniem zamysł Ministerstwa Finansów, aby wprowadzenie centralnego systemu e-fakturowania skutkowało w zasadzie całkowicie elektronicznym obiegiem faktur między podatnikami. To da organom administracji skarbowej dostęp do ogromnej bazy danych i możliwość ich weryfikacji w powiązaniu z raportowaniem JPK, a w efekcie ma prowadzić do uszczelnienia systemu podatkowego.

Mimo tych założeń nadal jednak będą funkcjonować faktury wystawiane poza KSeF przez polskich podatników VAT i to nie tylko w czasie awarii systemu. Dla faktur funkcjonujących poza KSeF datą otrzymania będzie data ich faktycznego otrzymania przez nabywcę, i to ona będzie wyznaczać moment realizacji prawa do odliczenia VAT (plus dodatkowe trzy miesiące).

Faktury wystawiane poza KSeF nie będą spełniać definicji faktury ustrukturyzowanej, ale będą spełniać ogólną definicję faktury jako dokumentu zawierającego wymagane elementy. Tym samym będą uprawniać nabywcę do odliczenia VAT. Przepisy nie uzależniają bowiem prawa do odliczenia VAT od prawidłowego formatu faktury.

Jeżeli organy podatkowe zakwestionują u wystawcy faktury jej format, polski nabywca nie może z tego tytułu ponosić negatywnych konsekwencji. Nie można z tego powodu odmawiać mu prawa do odliczenia podatku naliczonego. Zresztą kary za niewypełnienie obowiązków KSeF będą mogły być nakładane od 2027 r. wyłącznie na wystawcę błędnej faktury, a nie na nabywcę.

W tym zakresie wprowadzony system fakturowania nie będzie więc w pełni zamknięty, czyli ograniczony do obiegu wyłącznie elektronicznego. Początkowo Ministerstwo Finansów zamierzało wprowadzić przepis uzależniający prawo do odliczenia VAT od otrzymania prawidłowej faktury ustrukturyzowanej. Znalazł się on nawet w pierwszej wersji projektu nowelizacji wprowadzającej obowiązkowy KSeF z 2022 r. Wycofano się jednak z tego przepisu z uwagi na jego niezgodność z unijnymi regulacjami – na tamtym etapie.

Trzeba natomiast podkreślić, że obecnie dyrektywa VAT zawiera już przepis wprowadzony w 2025 r. w ramach pakietu ViDA, który przewiduje – ze skutkiem od 1 lipca 2030 r. – możliwość uzależnienia prawa do odliczenia VAT w przepisach krajowych od prawidłowej faktury w wymaganej formie ustrukturyzowanej.

Na marginesie dodam, że przed Trybunałem Sprawiedliwości UE toczy się sprawa, w której postawione przez polski sąd pytanie prejudycjalne dotyczy tego, czy można odliczyć VAT w okresie wcześniejszym niż otrzymanie faktury (tj. w miesiącu, w którym powstał obowiązek podatkowy u wystawcy faktury).