Wcześniej dyrektor KIS był podobnego zdania przynajmniej czterokrotnie. W sprawie nie wypowiedziało się dotąd wiążąco Ministerstwo Finansów, ale zdaniem doradców podatkowych nie powinno zaprezentować odmiennej wykładni. Przepisy o VAT są bowiem ujednolicone, a z obowiązującej obecnie unijnej dyrektywy 2006/112/WE wynika, iż samodzielne ograniczenie prawa do odliczenia podatku naliczonego w zależności od niewłaściwej formy przesłania faktury byłoby uznane za niezgodne z prawem. Zmienić się to może dopiero, gdy w życie w lipcu 2030 r. w życie wejdą przepisy unijnego pakietu VIDA dotyczącego e-fakturowania w transakcjach wewnątrzwspólnotowych (VAT in the Digital Age). Pisaliśmy o tym szerzej w artykule „KSeF: Czy faktura wystawiona poza systemem pozbawi odliczenia?” (DGP 115/2025).

Interpretacje KIS potwierdzają prawo do odliczenia VAT mimo faktury poza KSeF

Póki co w unijnych przepisach nie ma takiego zakazu. Polscy podatnicy i tak mają jednak wątpliwości co do zachowania prawa do odliczenia z faktury wystawionej poza KSeF po 1 lutym 2026 r. Przypomnijmy, że wymóg wystawiania faktur ustrukturyzowanych w Krajowym Systemie e-Faktur wejdzie w życie etapami. Od 1 lutego dotyczył będzie przedsiębiorców, których wartość sprzedaży (wraz z VAT) przekroczyła 200 mln zł. Od 1 kwietnia 2026 r. obejmie pozostałych przedsiębiorców z wyjątkiem mikrofirm u których łączna wartość sprzedaży udokumentowanej fakturami (wraz z VAT) nie przekroczy 10 tys. zł miesięcznie. Takie firmy będą miały nowy obowiązek od 1stycznia 2027 r. Wtedy też w życie wejdą sankcje za niewystawianie faktur w KSeF. Jednak już 1 lutego 2026 r. wszyscy przedsiębiorcy powinni być gotowi na otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych.

Co mówi ustawa o VAT o fakturach wystawionych poza systemem KSeF

Przedsiębiorcy obawiają się w związku z tym skutków sytuacji w której sprzedawca towaru lub usługi będzie miał już obowiązek wystawić fakturę w KSeF, ale go zignoruje i prześle nabywcy dokument papierowy lub w elektronicznym formacie pdf. Czy w takiej sytuacji prawo od odliczenia podatku naliczonego przepadnie? To tej kwestii dotyczyły pytania, które w dwóch październikowych interpretacjach zadały polskie spółki. Jedna zajmuje się sprzedażą przetworzonego surowego mięsa oraz dań gotowych. Druga pełni rolę centrum usług wspólnych w międzynarodowej grupie kapitałowej zajmującej się produkcją wyrobów medycznych. Obie nabywają towary i usługi w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą i obie nie wykluczały, że po 1 lutego 2026 r. dostawcy nie prześlą im faktur ustrukturyzowanych mimo ciążącego na nich obowiązku.

Nabywca nie straci przez dostawcę

We wnioskach o interpretacje spółki zwracały uwagę, że wykorzystują kupione towary i usługi do świadczenia czynności opodatkowanych VAT. Spełniają więc warunek z art. 86 ustawy o VAT. Jednocześnie w ich sytuacji nie zostanie spełniona żadna z przesłanek negatywnych o których mowa w art. 88 ustawy o VAT. Faktury, które w przyszłości otrzymają w niewłaściwej formie będą bowiem dokumentować realne transakcje biznesowe niezwiązane z unikaniem opodatkowania. W art. 88 ustawy o VAT brak jest zaś zakazu odliczania VAT z uwagi na wystawienie faktury poza KSeF. Dlatego też uważały, iż powinny zachować prawo do odliczenia podatku naliczonego. Na poparcie stanowiska spółki przywołały korzystne interpretacje indywidualne, które dyrektor KIS wydawał w przeszłości. Przykładem są interpretacje z 12 sierpnia 2025 r. (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG) z 4 marca 2025 r. (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA) i z 21 marca 2024 r. (sygn. 0112-KDIL1-3.4012.2.2024.2.KK), i z 19 marca 2024 r. (sygn. 0112-KDIL1-3.4012.596.2023.3.KK). Zdaniem spółek prawo do odliczenia podatku naliczonego potwierdza też orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości UE np. wyrok z 1 marca 2012 r. (sygn. C-280/10) z którego wynika, iż powinno ono przysługiwać podatnikom nawet jeśli nie spełnili niektórych wymagań formalnych. Dyrektor KIS w pełni się z tym zgodził. Przyznał, że przepisy ustawy o VAT nie zakazują prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdy faktura mimo takiego obowiązku zostanie wystawiona poza KSeF. Skoro więc spółki spełnią warunki z art. 86 i art. 88 ustawy o VAT, a faktury które otrzymają, dokumentować będą rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych, to będą one mogły odliczyć VAT naliczony – podsumował.

Interpretacje indywidualne dyrektora KIS z 13 października 2025 r. (sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.833.2025.2.ALN) i z 20 października 2025 r. (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.739.2025.1.AMA)