Podatek, który jest niższy niż wysokość wpłaconych w trakcie roku zaliczek i który wynika ze złożonej deklaracji rocznej, jest zwracany przez urząd bez obowiązku składania dodatkowego wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty. Zatem samo złożenie druku zobowiązuje urząd do zwrotu nadpłaconego podatku. Zgodnie z art. 77 Ordynacji podatkowej, nadpłata wynikająca z zeznania rocznego w PIT podlega zwrotowi w terminie 3 miesięcy od dnia złożenia tego zeznania.

Nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Organ podatkowy może bowiem, na wniosek podatnika, w przypadkach uzasadnionych jego ważnym interesem, dokonać zwrotu nadwyżki wpłaconych kwot zaliczek na podatek dochodowy.