Wyjątki od tej reguły wymienione są wprost w przepisach. Szczególnie określone zostały w art. 88 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054). Warto jednak zwrócić uwagę na nieco inny wyjątek, który ma charakter bardziej fundamentalny. Otóż wcale nie tak rzadko państwa członkowskie rozszerzają zakres stosowanych przez siebie zwolnień przedmiotowych z VAT ponad zakres określony w dyrektywie 2006/112. Trzeba przy tym podkreślić, że dyrektywa ta określa obligatoryjną listę czynności, które podlegają zwolnieniu, a także zakres tych czynności. W przeszłości pojawiła się więc wątpliwość co do tego, czy podatnik wykonujący takie czynności zwolnione w danym państwie – które jednak na podstawie dyrektywy powinny być opodatkowane na zasadach ogólnych – traci prawo do odliczenia podatku naliczonego.

Wątpliwość ta została rozstrzygnięta, zarówno w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (np. wyrok w sprawie C-150/99, Lindopark AB), jak i w rozstrzygnięciach polskich sądów administracyjnych (np. wyrok WSA w Warszawie z 17 stycznia 2011, sygn. akt III SA/Wa 1062/10).

W świetle powołanych wyżej wyroków nie budzi już kontrowersji pogląd, zgodnie z którym w przypadku gdy państwo członkowskie wprowadziło zwolnienie od podatku, które wykracza poza możliwości stworzone przez dyrektywę unijną, wówczas zwolnienie takie nie ma wpływu na prawo do odliczenia podatku naliczonego przez podatnika. Innymi słowy, ponieważ zwolnienie czynności, które nie jest przewidziane przez dyrektywę, stanowi naruszenie dyrektywy VAT, podatnik ma pełne prawo do uznania – w odniesieniu do podatku naliczonego właśnie – że taka zwolniona niezgodnie z prawem unijnym czynność daje mu pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego z nią związanego.