W wyniku postępowania kontrolnego w spółce organ podatkowy zakwestionował deklarowane przez nią kwoty naliczonego oraz należnego podatku od towarów i usług. Fiskus uznał, że spółka w deklaracjach VAT nie wykazała wszystkich obrotów z tytułu świadczonych usług fryzjerskich oraz sprzedaży kosmetyków.

W trakcie kontroli w spółce kontrolujący znaleźli na jednym z komputerów program. Zawierał on informacje o różnych zdarzeniach w firmie, m.in. o rozliczeniach magazynowych, zużyciu materiałów, rozliczeniach pracowników z liczby i wartości wykonanych usług i transakcji sprzedaży. Dane z tego programu różniły się od informacji wykazanych w księgach rachunkowych.

Organ podatkowy, wydając decyzję dotyczącą wysokości zobowiązania podatkowego, zakwestionował rzetelność prowadzonych ksiąg i oparł się na danych z programu komputerowego.

Spółka twierdziła, że program jest w fazie testów i nie odzwierciedla faktycznych transakcji. Służy wyłącznie symulacji zdarzeń, których celem jest skuteczne zarządzanie siecią salonów opartych na franchisingu. W skardze do sądu administracyjnego firma zarzuciła organom podatkowym błędy w postępowaniu dowodowym oraz wydanie decyzji opartych wyłącznie na poszlakach. Zarzucała przede wszystkim brak powołania biegłego do zbadania tego oprogramowania. Sąd nie podzielił jednak argumentów spółki.

Sprawa trafiła przed Naczelny Sąd Administracyjny, który również nie podzielił stanowiska spółki. NSA podkreślił, że wszystkie cechy programu wskazują, że rejestrował on faktyczny przebieg zdarzeń. Sąd znał, że jeśli zdaniem spółki program nie rejestrował faktycznych zdarzeń, to powinna ona przedstawić dowody, które potwierdzą, że te zdarzenia były nierzeczywiste.

Wyrok jest prawomocny.

Sygn. akt I FSK 550/10, I FSK 1623/10