Tryb odzyskiwania nadpłat w polskim systemie prawa podatkowego pozostawia wiele do życzenia. Część problemów bierze się z niejasnych lub niepraktycznych przepisów, część mogłaby być usunięta przez zmianę modelu funkcjonowania urzędników.
Od strony technicznej kłopot sprawia mnogość trybów (zwrot nadpłaty, stwierdzenie nadpłaty, korekta zwrotu) – podatnik często stoi przed dylematem, który z nich jest właściwy. Na dodatek w niektórych przypadkach wystąpienie o nienależny zwrot może narazić podatnika na odpowiedzialność karnoskarbową. Dlatego wiele osób nie dochodzi swoich praw, żeby nie narazić się na tę odpowiedzialność. Dodatkowym problemem jest wzywanie podatników do przedstawienia coraz to nowych dowodów – często w celu ustalenia faktów nierelewantnych dla sprawy.
W sprawach wykraczających poza Polskę długo widać było zdecydowaną niechęć organów do korzystania z procedur wymiany informacji wynikających z umów o unikaniu podwójnego opodatkowania czy z dyrektyw Unii Europejskiej.
Nagminnym problemem rozliczania nadpłat przez organy podatkowe jest określanie wysokości odsetek do zwrotu w wysokości innej, niż oczekiwałby tego podatnik, oraz nieprawidłowe zaliczanie nadpłaty na poczet zaległości podatkowych. Jaśniejsze przepisy, zapewniające przy tym równowagę interesów fiskusa i podatnika, z pewnością pomogłyby usunąć ten mankament.
Wśród problemów z rozliczaniem nadpłat podatnicy wskazują też wszczynanie przez organy postępowania wymiarowego w odniesieniu do całości zobowiązania podatkowego, ponad zakres dokonanej przez podatnika korekty. Przepisy tego nie zabraniają i nawet trudno argumentować, że jest to niewłaściwa praktyka, ale na pewno dla podatnika jest ona pewnym ograniczeniem.
Z pozytywnych trendów obserwujemy zmniejszenie niechęci organów do podejmowania precedensowych rozstrzygnięć. Dawniej wydawanie negatywnych decyzji tylko w celu przesunięcia rozstrzygnięcia na poziom sądów administracyjnych było częstą praktyką, dziś ten trend ma szanse się odwrócić.
