W ciągu ostatnich trzech lat skutecznie wzrosła efektywność przeprowadzanych kontroli skarbowych. Według danych Ministerstwa Finansów w okresie od 2011 do 2013 roku skuteczność urzędników kontroli skarbowej wzrosła z 70,3 proc. w 2011 roku do 80,6 proc. w roku 2013.

Większa efektywność kontroli ma związek przede wszystkim z poprawą trafności i doboru podatników do kontroli skarbowej. Urzędnicy coraz częściej stosują nowoczesne metody analityczne, które pomagają zdiagnozować obszary, które są najbardziej narażone na popełnianie nadużyć podatkowych.

W 2014 roku, podobnie jak w latach ubiegłych, urzędnicy kontroli skarbowej będą koncentrowali swoje działania na następujących obszarach:

1. Rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości odliczania i wpłacania podatków, ze szczególnym uwzględnieniem:
- podatku od towarów i usług (VAT) w obrocie wewnątrzwspólnotowym;
- podatku akcyzowego (szczególnie w obrocie paliwami płynnymi);
- oszustw w VAT w obrocie krajowym;
- ujawniania i kontroli niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej;
- uzyskiwania przychodów z działalności gospodarczej prowadzonej przy pomocy Internetu.
2. Celowości i zgodności z prawem wykorzystania środków publicznych oraz gospodarowania mieniem Skarbu Państwa.
3. Prowadzeniem postępowań kontrolnych w Internecie (e-kontrola).
4. Współdziałaniem z innymi organami w zakresie wykrywania i zwalczania nieprawidłowości należących do zakresu kontroli skarbowej oraz współpraca z instytucjami UE oraz państwami trzecimi.

Podstawowe źródła informacji, z których korzystają urzędnicy podczas kontroli nieujawnionych źródeł dochodów to:
- informacje własne urzędów skarbowych (rejestry, deklaracje i zeznania podatkowe),
- informacje uzyskiwane od sądów,
- informacje zdobyte przez wywiad skarbowy,
- informacje zdobyte przez policję i prokuraturę,
- informacje z urzędów miast, gmin oraz banków,
- donosy.