Zasadą jest, że nie można złożyć wniosku o stwierdzenie nadpłaty, gdy upłynął już termin przedawnienia zobowiązania podatkowego. Powstaje pytanie, co jeśli podatnik złożył wniosek przed 31 grudnia, ale urząd dostał go dopiero po 1 stycznia.

Orzecznictwo w tym zakresie nie jest jednolite. W większości jest ono korzystne dla podatników, czego przykładem wyrok NSA z 13 września 2012 r. (sygn. akt II FSK 262/11 i II FSK 202/11). Sąd stwierdził, że przy ocenie, czy został zachowany termin do złożenia wniosku, należy brać pod uwagę art. 12 par. 6 pkt 2 ordynacji podatkowej, a nie art. 165 par. 3, który mówi o dacie wszczęcia postępowania na żądanie strony.

Podobnie NSA orzekł we wcześniejszych wyrokach z 14 września 2010 r. (sygn. akt I FSK 1104/09) i z 20 lipca 2010 r. (sygn. akt I FSK 1373/09).

Ale zdarzały się też orzeczenia niekorzystne dla ubiegających się o zwrot nadpłaty. W wyroku z 31 lipca 2012 r. (sygn. akt II FSK 71/11) NSA orzekł, że „określając datę wszczęcia postępowania na żądanie strony (art. 165 par. 3 Ordynacji podatkowej), należy przyjąć datę doręczenia tego żądania organowi, czyli dostarczenia, a nie złożenia, nadania w polskiej placówce pocztowej operatora publicznego”.

W odpowiedzi na pytanie DGP resort wyjaśniło, że o tym, czy termin został przez podatnika zachowany, decyduje art. 12 par. 6 ordynacji. Istotne jest więc to, czy przed upływem terminu przedawnienia pismo zostało nadane w polskiej placówce pocztowej operatora wyznaczonego w rozumieniu ustawy – Prawo pocztowe albo złożone w polskim urzędzie konsularnym.

Jeśli taki warunek jest spełniony, nie ma podstaw, by urząd umorzył postępowanie, powołując się na przedawnienie.