Obowiązująca od ponad dwóch lat definicja całkowicie odbiega od wcześ- niejszej praktyki. Można mieć jednak wrażenie, że nadal wiele podmiotów nie ma świadomości tej zasadniczej zmiany. Zgodnie z art. 10 rozporządzenia siedziba działalności gospodarczej to miejsce, „w którym wykonywane są funkcje naczelnego zarządu przedsiębiorstwa”. Chodzi więc zasadniczo o to, gdzie zapadają istotne decyzje dotyczące ogólnego zarządzania firmą. Innymi istotnymi elementami są adres zarejestrowanej siedziby i miejsce posiedzeń zarządu. Kryterium, które ma pierwszeństwo w przypadku wątpliwości, jest jednak to, gdzie zapadają istotne decyzje dotyczące ogólnego zarządzania przedsiębiorstwem.

W praktyce spotkać można podmioty mające zarejestrowane siedziby w innym państwie, niż to, w którym przebywa zarząd czy podejmowane są istotne decyzje zarządcze. Popularna jest zwłaszcza rejestracja na terytoriach o szczególnie przyjaznym opodatkowaniu. Zwykle jednak – oprócz formalnej rejestracji – podatnik nie prowadzi stamtąd działalności gospodarczej. Wykonuje ją w innym miejscu, w którym też znajdują się osoby podejmujące istotne decyzje dotyczące zarządzania przedsiębiorstwem. Dla celów VAT to właśnie to miejsce – a nie terytorium rejestracji spółki – jest jej siedzibą.

Prawidłowe określenie miejsca siedziby działalności gospodarczej podatnika ma znaczenie dla poprawnego ustalenia miejsca świadczenia (opodatkowania) transakcji. Jest też np. istotne w celu określenia uprawnienia zagranicznego podatnika do otrzymania zwrotu VAT w Polsce. Może się bowiem zdarzyć, że zarejestrowana siedziba znajduje się na terytorium, którego podatnikom nie przysługuje prawo do zwrotu podatku, ale siedziba prowadzenia działalności gospodarczej dla celów VAT mieści się już w państwie, którego podatnicy mogą skorzystać z tego uprawnienia.