Mimo zmiany w 2007 r. sposobu wydawania interpretacji indywidualnych (dokonuje tego pięciu dyrektorów izb skarbowych, zamiast naczelników urzędów), problemem są wciąż rozbieżne stanowiska organów w podobnych sprawach. Szeroko informowaliśmy o tym 26 września. Teraz do problemu odniosło się Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 11119/12).

Resort tłumaczy, że minister może zmienić z urzędu błędną interpretację, uwzględniając w szczególności orzecznictwo sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Sygnały do podjęcia takiej inicjatywy mogą płynąć z różnych źródeł, np. od podatników, organów podatkowych, organów kontroli skarbowej, a także mediów.

Do zadań ministra finansów należy stały nadzór nad jednolitością wydawanych interpretacji indywidualnych. MF podaje, że na ponad 154 000 interpretacji wydanych w okresie od lipca 2007 r. do października 2012 r. w 1161 przypadkach stwierdzono nieprawidłowość interpretacji i dokonano jej zmiany. Liczba interpretacji, które minister finansów uznał za wadliwe, jest zatem nieznaczna w stosunku do liczby wydanych interpretacji ogółem.

W tym samym okresie spośród 7075 spraw poddanych ocenie sądów administracyjnych 4279 zakończyło się uchyleniem interpretacji przez wojewódzki sąd administracyjny. W 2811 przypadkach organ nie podzielił argumentacji WSA i złożył skargę kasacyjną do NSA. Na 2377 rozstrzygnięć dotyczących interpretacji, do chwili obecnej w 1119 przypadkach NSA orzekł na korzyść organów podatkowych.

MF podkreśla, że orzeczenia WSA uchylające interpretacje oraz ich zmiany dokonane przez ministra stanowią tylko ok. 3,5 proc. wszystkich wydanych interpretacji.

Zgodnie z art. 14a Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749) minister finansów dąży do zapewnienia jednolitego stosowania prawa podatkowego przez organy podatkowe. To właśnie ten przepis obliguje ministra finansów do eliminowania z obrotu prawnego wszelkich sprzecznych indywidualnych interpretacji podatkowych