Nowe zasady fakturowania papierowego i elektronicznego mają wejść w życie 1 stycznia 2013 r. (projekty rozporządzeń czekają na podpis ministra finansów). W tym samym czasie wejdzie w życie ustawa deregulacyjna (Dz.U. z 2012 r., poz. 1342), która przewiduje m.in. zmiany w VAT (metoda kasowa, ulga na złe długi, faktury wewnętrzne). Skutki odczują wszyscy przedsiębiorcy.

Zdaniem prof. Witolda Modzelewskiego, prezesa Instytutu Studiów Podatkowych, zmiany w fakturowaniu oznaczają, że podatnicy będą musieli decydować o zasadach, jakie chcą stosować. W związku z tym instytut proponuje wprowadzić w firmach regulamin fakturowania, w którym przedsiębiorca je określi. Tomasz Tratkiewicz, dyrektor departamentu podatku od towarów i usług w Ministerstwie Finansów wyjaśnił jednak, że nie będzie obowiązku przyjmowania takiego regulaminu. Przyznał, że nowe zasady fakturowania dają podatnikom większą swobodę niż obecne. Wyjaśnił, że nowe przepisy nie zabraniają oznaczać faktur jako „Faktura VAT” lub po prostu „Faktura”. Zdecydują o tym podatnicy. Decyzję będą musieli podjąć także w przypadku faktur wewnętrznych. Ustawa deregulacyjna zmieniająca m.in. ustawę o VAT daje możliwość wystawiania takich faktur w 2013 r. Przepisy te znikną z ustawy o VAT dopiero od 1 stycznia 2014 r., ale i tak – jak przekonywał Tomasz Tratkiewicz – podatnicy będą mogli wystawiać faktury wewnętrzne, jeśli zechcą. W dowolny sposób podatnicy będą mogli też uzyskać zgodę kontrahenta na otrzymywanie e-faktur. Dziś trzeba mieć zgodę na piśmie. Po zmianach wystarczy, aby kontrahent zapłacił należność. Podatnik będzie mógł wtedy domniemywać, że kontrahent wyraził zgodę na otrzymywanie e-faktur.

Podatnicy będą musieli jednak zapewnić fakturom i e-fakturom autentyczność pochodzenia i integralność treści. Bogdan Zatorski, kierownik consultingu biznesowego w firmie Sage, wyjaśnił że można te wymogi spełnić, wprowadzając kontrole biznesowe. Chodzi o to, aby pokazać, jak wygląda obieg faktur w firmie.

Skutki zmian m.in. w fakturowaniu przedstawiali eksperci i praktycy podczas konferencji „Wielka nowelizacja w podatkach 2013”, którą zorganizował Dziennik Gazeta Prawna we współpracy z Sage i Instytutem Studiów Podatkowych.