Do kasy apteki wpływać będzie kwota mniejsza od kwoty wykazanej w raportach fiskalnych. Bonifikata bowiem nie będzie wykazana w dobowym raporcie z kasy. Kwoty bonifikat widoczne będą w zestawieniach miesięcznych. Apteka nie wie, która kwota będzie podstawą opodatkowania w podatku dochodowym.

Według Izby Skarbowej w Łodzi ewidencja prowadzona w kasie rejestrującej jest niezależna od ewidencji, której prowadzenia wymagają inne przepisy, np. te dotyczące prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów.

Obowiązujące przepisy nie przewidują możliwości skorygowania wartości sprzedaży i podatku należnego zaewidencjonowanego za pomocą kasy. Jednak brak regulacji w tym zakresie nie pozbawia podatnika możliwości dokonania korekty zaewidencjonowanego obrotu.

W celu ustalenia prawidłowej (rzeczywistej) podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych, w przypadku udzielenia bonifikat, które nie są uwidocznione w raportach fiskalnych, należy dodatkowo udokumentować udzielone bonifikaty innym dowodem.

Dowodami księgowymi w przypadku sprzedaży ewidencjonowanej w kasie rejestrującej są m.in. fiskalny raport dobowy lub zestawienie miesięczne tych raportów

Oznacza to, że kwoty udzielonych bonifikat pomniejszają przychód należny z działalności gospodarczej. Jeżeli dokumenty, na podstawie których dokonywane są księgowania udzielonych bonifikat w podatkowej księdze przychodów i rozchodów będą rzetelne, zgodne z rzeczywistym przebiegiem operacji gospodarczej, której dotyczą, kompletne, spełniające wymogi określone w przepisach, aptece będzie przysługiwać prawo do obniżenia podstawy opodatkowania PIT o bonifikatę udzieloną nabywcom leków.

Interpretacja indywidualna dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 2012 r. (nr IPTPB1/415-158/11-5/12-S/AG).