Otrzymują z niego dofinansowanie, które przeznaczają na wsparcie przedsiębiorstw przez udzielanie im niskooprocentowanych pożyczek, czy poręczeń. W związku z tym do funduszy trafiają odsetki prowizje i inne opłaty. Ponieważ jednak są one kierowane na dalszą pomoc przedsiębiorcom, to zdaniem funduszy przychód w CIT nie powstaje.

Innego zdania są organy podatkowe. Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 24412) wyjaśniło, że w latach 2007 – 2009 środki pomocowe pochodzące z funduszy strukturalnych UE, przeznaczone na realizację programów operacyjnych, były wydatkami budżetu państwa jako dotacje rozwojowe. U beneficjentów środków pomocowych uzyskane przychody pochodzące z takich dotacji były zwolnione z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 47 i 48 ustawy z 16 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.).

Odsetki i prowizje uzyskane od dotacji rozwojowych oraz środków europejskich są opodatkowane na tych samych zasadach co odsetki i prowizje od pozostałych dotacji budżetowych

Natomiast od 2010 r. środki pochodzące m.in. z funduszy strukturalnych, Funduszu Spójności oraz Europejskiego Funduszu Rybactwa są określane jako środki europejskie. Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 52 ustawy o CIT płatności na realizację projektów w ramach programów finansowanych z udziałem środków europejskich, otrzymane z Banku Gospodarstwa Krajowego, są wolne od podatku dochodowego z wyjątkiem płatności otrzymanych przez wykonawców. Wolne od CIT są także środki otrzymane przez uczestnika projektu jako pomoc udzielona w ramach programu finansowanego z udziałem środków europejskich (art. 17 ust. 1 pkt 53 ustawy o CIT).

Zwolnienia te dla środków pomocowych w ramach perspektywy 2007 – 2013 dotyczą wyłącznie kwoty samej płatności (dotacji rozwojowej). Nie obejmują przychodów, w tym kapitałowych, wygenerowanych w oparciu o te środki, w szczególności przychodów z tytułu udzielonych pożyczek (odsetki umowne i karne, prowizje, opłaty) czy z tytułu odsetek od lokat i środków na rachunku bankowym. Przychody te nie korzystają ze zwolnienia przewidzianego dla płatności ze środków europejskich.