Stanowisko takie zajął Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu (sygn. akt I SA/Wr 630/11). Sąd uzasadniał, że zwolnieniu podlegają jedynie dochody z działalności gospodarczej wykonywanej na terenie strefy, co oznacza, że z takiej preferencji podatkowej nie korzystają wszystkie inne dochody spółki.

Jarosław Ziółkowski, doradca podatkowy i starszy konsultant w ITA Doradztwo Podatkowe, tłumaczy, że zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 44 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.) zwolnieniu z podatku podlegają dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia.

Adam Allen, menedżer w Dziale Ulg i Dotacji Inwestycyjnych Ernst & Young, dodaje, że zakres działalności strefowej wskazuje inwestor podczas „wchodzenia” do strefy. W praktyce jest to po prostu działalność operacyjna planowana przez inwestora na terenie strefy. W konsekwencji więc każdy taki dochód osiągany z działalności operacyjnej określonej w zezwoleniu strefowym będzie objęty zwolnieniem podatkowym.

Adam Allen zwraca uwagę, że do odszkodowań można zaliczyć różnego rodzaju świadczenia, które mogą mieć różną przyczynę i formę (można zaliczyć tutaj również kary lub grzywny umowne). Nie stanowią one jednak same w sobie odrębnej działalności gospodarczej, którą można oddzielnie zapisać w zezwoleniu strefowym.

– Stąd z punktu widzenia zwolnienia podatkowego w strefie istotne jest przede wszystkim, czy odszkodowanie pozostaje w bezpośrednim związku z działalnością operacyjną już określoną w zezwoleniu – wyjaśnia nasz rozmówca.

Przykładowo, jeśli odszkodowanie ma formę kary umownej związanej z zamówieniem na nabycie produktów strefowych, można mówić o zaliczeniu takiego odszkodowania do działalności zwolnionej z opodatkowania.

– W przypadku gdyby kary umownej nie nałożono, to przedsiębiorca uzyskałby przychód ze sprzedaży produktów strefowych, który jest objęty zwolnieniem podatkowym – mówi Adam Allen.

Jeżeli zatem odszkodowanie ma bezpośredni związek z działalnością operacyjną określoną w zezwoleniu, to może być zaliczone do działalności zwolnionej z opodatkowania.

Jarosław Ziółkowski stwierdza jednak, że uzyskanie dochodu na terenie strefy w zakresie nieobjętym zezwoleniem nie uprawnia do zwolnienia.