W 2008 roku opłata za interpretację podatkową została zmniejszona z 75 zł do 40 zł. Teraz resort finansów chce jej podwyższenia oraz zróżnicowania, o czym „DGP” informował jako pierwszy. Wynika to z założeń do nowelizacji Ordynacji podatkowej (aktualna wersja z 18 marca 2011 r.). Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 21074/11) wyjaśniło przyczyny podwyżki. Zdaniem MF obecna wysokość opłaty nie odzwierciedla pracochłonności, a tym samym kosztów związanych z wydaniem interpretacji indywidualnej. Koszt ten wynosi w przybliżeniu 1072 zł.

Organy upoważnione przez ministra finansów do wydawania interpretacji indywidualnych tylko w 2009 roku wydały ich ok. 30 tys. (dla porównania w okresie od stycznia 2009 do czerwca 2010 r. ZUS wydał 816 interpretacji). Ponadto aż 23 proc. wniosków składanych jest przez podmioty rozliczające się w tzw. wyspecjalizowanych urzędach skarbowych. Znaczną część wniosków stanowią wystąpienia o ocenę potencjalnych działań podatników. W opinii MF wysokość opłaty za wydanie interpretacji powinna zostać podwyższona w celu wyeliminowania praktyki wykorzystywania tej instytucji jako narzędzia optymalizacji podatkowej.

Zdaniem MF wnioskodawca powinien ponosić opłatę, która w przybliżeniu odpowiadałaby kosztowi wydania jednej interpretacji indywidualnej, tj. 1 tys. zł. Jednak z uwagi na fakt, że z wnioskami o wydanie interpretacji występują zróżnicowane kategorie wnioskodawców o indywidualnej zdolności ekonomicznej oraz różnej znajomości przepisów, zasadne jest zróżnicowanie wysokości opłaty. Resort poinformował, że obecnie analizie podlegają różne warianty zróżnicowania opłaty za wniosek dla poszczególnych grup podmiotów. Jednak nie przewiduje się podwyższenia opłaty za wniosek o wydanie interpretacji dla osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej.