W przypadku przedłużającego się postępowania kontrolnego nie są podatnikowi naliczane odsetki za zwłokę bez względu na to, czy prowadzi je organ podatkowy, czy kontroli skarbowej.
Obowiązujące przepisy ustawy o kontroli skarbowej oraz Ordynacji podatkowej przyznają kontrolowanym podatnikom analogiczne gwarancje ochrony ich praw, w zakresie nienaliczania odsetek za zwłokę – poinformowało Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 17819/10).
Jak wyjaśniło Ministerstwo Finansów od 1 lipca 2010 r. podatnicy mają takie same prawa w zakresie naliczania odsetek za zwłokę, niezależnie od tego, czy postępowanie prowadzone jest przez organy podatkowe, czy też organy kontroli skarbowej.
Nowe brzmienie art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej nie wyłącza stosowania art. 54 Ordynacji podatkowej do postępowań kontrolnych prowadzonych przez organy kontroli skarbowej. Jednocześnie nowelizacja wprowadziła do art. 24 ustawy o kontroli skarbowej regulację zakazującą naliczania odsetek za zwłokę w przypadku prowadzenia przez organy kontroli skarbowej postępowania kontrolnego przez okres dłuższy niż 6 miesięcy.
Odmienne zasady dotyczące naliczania odsetek od zaległości podatkowych, w zależności od tego, jaki organ prowadził postępowanie, obowiązywały do 1 lipca 2010 r., tj. do dnia wejścia w życie ustawy z 5 marca 2010 r. o zmianie ustawy o kontroli skarbowej.
Zróżnicowanie praw podatnika w zależności od tego, jaki podmiot prowadzi postępowania kontrolne, budziło wątpliwości co do zgodności z konstytucyjną zasadą równości i sprawiedliwości podatkowej.
