Jedna z najistotniejszych zmian przewidywanych przez tę nowelizację dotyczyć będzie zasad opodatkowania aportu przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części i jego późniejszej amortyzacji dla celów podatkowych. Generalnie, tak jak dotychczas, taki aport nie będzie podlegać opodatkowaniu w momencie jego wniesienia. Ta neutralność będzie istniała, o ile elementy wnoszone do spółki w zamian za akcje będą funkcjonalnie powiązane ze sobą w taki sposób, aby spełnić definicje przewidziane przez przepisy obydwu ustaw o podatku dochodowym. Kluczową zmianą będzie wprowadzenie zasady kontynuacji amortyzacji podatkowej. Obecnie przedsiębiorstwo było wyceniane rynkowo oraz amortyzowane dla celów podatkowych w spółce, do której zostało wniesione. W wielu przypadkach efektem takiego aportu było znaczące podwyższenie kosztu podatkowego wynikającego z amortyzacji w podmiocie, do którego to przedsiębiorstwo lub jego zorganizowaną część wniesiono. Nowe przepisy zmieniają zasady amortyzacji podatkowej w tym zakresie. Zgodnie z nimi spółka, do której wniesiono taki aport, kontynuuje jego amortyzację podatkową, wcześniej dokonywaną przez wnoszącego. Oznacza to możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych jedynie pozostałej, dotychczas niezamortyzowanej części takiego przedsiębiorstwa.

Nowelizacja przewiduje jeszcze wiele zmian, które wpłyną na poziom opodatkowania podatników, zarówno CIT, jak i PIT. Niestety, dla niektórych podatników będą to zmiany negatywne oznaczające wzrost obciążeń. Zgodnie z zasadami nowelizowania ustaw dotyczących podatków dochodowych generalnie zmiany wejdą w życie w nowym roku podatkowym. Podatnikom pozostało więc niewiele czasu na ewentualne przeprowadzenie przekształceń w obecnym, korzystniejszym reżimie podatkowym.

Michał Grzybowski, dyrektor w Ernst & Young