Program e-cło realizowany jest jako jeden z projektów finansowanych z funduszy Unii Europejskiej. Jego koszt szacowany jest na 37 mln euro. Całość prac została podzielona na trzy fazy. Etap I został zrealizowany do końca ubiegłego roku. Obecnie trwają prace nad realizacją II fazy, które muszą być zakończone do 2011 roku. Ostatni etap mający na celu całkowitą informatyzację Służby Celnej zrealizowany zostanie do 2013 roku.

Program e-cło oparty jest na unijnym programie e-custom. Inicjatywa ta obejmuje szereg przedsięwzięć informatycznych, prawnych i organizacyjnych mających na celu wyeliminowanie papierowej formy dokumentów w dziedzinie handlu i cła, przy jednoczesnym zapewnieniu odpowiedniego poziomu bezpieczeństwa handlu międzynarodowego.

Główne założenia to interoperability, czyli prawidłowe współdziałanie systemów IT w całej Unii, i accessibility, czyli dostępność systemu dla przedsiębiorców. Tworzenie i usprawnianie już gotowych systemów (typu CELINA, ISZTAR czy VINCI) powierzone zostało mniejszym jednostkom organizacyjnym np. Izbie Celnej w Krakowie, Łodzi czy Przemyślu, które współpracują z ludźmi nauki, a także ze sferą biznesową. Fazy próbne projektu tylko raz przeprowadzane były przez wynajęte firmy, w każdym innym przypadku nowy system testowany jest przez przedsiębiorców – późniejszych użytkowników. Podmioty opracowujące poszczególne systemy informatyczne mają na celu usprawnienie współpracy w Unii, wzrost sprawności i przyjazność obsługi przedsiębiorców (przedsiębiorca jako klient, a nie petent) oraz wyeliminowanie papierowej dokumentacji.

Obecnie 80 proc. importu obsługiwane jest drogą elektroniczną. Wdrożono ok. 16 programów obsługujących tranzyt, import, eksport oraz akcyzę. Podkreślić należy, że proces informatyzacji zaczął się długo przed wdrażaniem programu unijnego. Programy typu Zefir zostały wdrożone ponad 10 lat temu.

W latach 1999–2004 zrealizowano proces zmiany instytucjonalnej, którego koszt wyniósł ok. 100 mln zł i 20 mln euro.

Został zbudowany system korporacyjny dla administracji krajowej liczącej 15 tys. pracowników funkcjonujący w trybie rzeczywistym, wyposażony w nowoczesne kanały komunikacyjne dla środowiska gospodarczego.