Podstawową zaletą posiadania interpretacji prawa podatkowego jest ochrona podatnika. Jeśli organy podatkowe przeprowadzą u niego kontrolę, są one związane stanowiskiem wyrażonym w interpretacji. Problem pojawia się, gdy minister finansów w wydanej interpretacji najpierw uznaje stanowisko podatnika za nieprawidłowe, a dopiero w odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa przyznaje mu częściowo lub w całości rację. Zdaniem WSA w Warszawie uzyskanie pozytywnej odpowiedzi na tym etapie postępowania nie jest wiążące dla organów podatkowych, a tym samym nie daje ochrony podatnikowi.

Stanowisko sądów

Jeśli podatnik nie zgadza się z interpretacją podatkową, może wezwać ministra do usunięcia naruszenia prawa. To coś w rodzaju prośby o zmianę już wydanej interpretacji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wielokrotnie odnosił się do zmiany stanowiska ministra wyrażonej w odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa. W wyroku z 4 listopada 2009 r. (sygn. akt III SA/Wa 818/09) sąd przyznał, że mimo zmiany stanowiska ministra, w obrocie prawnym zostaje interpretacja i to ona jest wiążąca dla organów podatkowych. W wyroku z 17 czerwca 2009 r. (sygn. akt III SA/Wa 3524/08) sąd stwierdził, że podatnik jest chroniony, jeśli zastosuje się do interpretacji, a nie do odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa.

W wyroku z 13 października 2009 r. (sygn. akt III SA/Wa 899/09) sąd zwrócił z kolei uwagę, że odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa stwarza jedynie organowi możliwość samodzielnej weryfikacji udzielonej interpretacji, w sytuacji gdy strona zamierza skorzystać ze skargi do sądu administracyjnego.

Jeżeli organ stwierdzi, że wskazane naruszenie prawa rzeczywiście miało miejsce, powinien naruszenie to usunąć poprzez stosowną zmianę interpretacji – orzekł sąd. Dodał, że trybem właściwym w tym przypadku będzie tryb określony w art. 14e par. 1 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tym przepisem, minister finansów może z urzędu zmienić wydaną interpretację ogólną lub indywidualną, jeżeli stwierdzi jej nieprawidłowość.

Z kolei WSA w Lublinie w wyroku z 22 kwietnia 2009 r. (sygn. akt I SA/Lu 730/08) uznał, że zaskarżeniu do sądu administracyjnego podlegają interpretacje wydawane w indywidualnych sprawach, a nie odpowiedzi na wezwania do usunięcia naruszenia prawa.