Firma złożyła w urzędzie skarbowym wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC). Daninę w kwocie blisko 12 mln zł pobrał od niej – jako kupującego – notariusz przy sporządzaniu umowy przeniesienia własności kompleksu biurowego. Sprzedawcą była spółka, która otrzymała wcześniej nieruchomość jako aport zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Transakcja ta nie podlegała VAT.
Kupujący uznał, że notariusz niesłusznie pobrał PCC. Urząd i izba skarbowa odmówiły jednak uwzględnienia wniosku o zwrotu podatku, ponieważ ich zdaniem sprzedawca korzystał ze zwolnienia z podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt. 2 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 z późn. zm.). Przepis ten mówi, że zwolniona z VAT jest dostawa towarów używanych, pod warunkiem że w stosunku do nich sprzedawcy nie przysługiwało przy ich nabyciu prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. Z kolei z przepisów ustawy o PCC (t.j. Dz.U. z 2010 r., nr 101, poz. 649 z późn. zm.), wynika, że wolne od tej daniny są czynności (w tym umowa sprzedaży), jeżeli przynajmniej jedna ze stron jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług lub z niego zwolniona. Ta zasada nie dotyczy jednak umów sprzedaży zwolnionych z VAT, których przedmiotem są nieruchomości lub ich części. PCC został więc pobrany prawidłowo.
Firma (kupujący) inaczej jednak rozumiała powołane przepisy. Według niej nie można powiedzieć, że sprzedający nieruchomość przy jej nabyciu nie miał prawa pomniejszyć podatku należnego o naliczony (a więc że korzystał ze zwolnienia z VAT). Po prostu transakcja była nieopodatkowana, a to nie to samo.