Nowe przepisy dotyczące ulgi na złe długi wprowadziły wiele niekorzystnych dla podatników zmian. Mimo pewnych udogodnień (likwidacja obowiązku zawiadamiania dłużnika o korzystaniu z ulgi, skrócenie okresu, po upływie którego nieściągalność wierzytelności można uznać za uprawdopodobnioną), wprowadzono rozwiązania jednoznacznie negatywne dla podatników. Do tej drugiej kategorii należy niewątpliwe obowiązek automatycznej korekty podatku naliczonego przez dłużnika, który nie uregulował należności. Obowiązek ten prowadzi do szczególnie niekorzystnej sytuacji w rozliczeniach między podmiotami powiązanymi (chodzi o związek o charakterze rodzinnym, kapitałowym, majątkowym lub wynikający ze stosunku pracy, zgodnie z art. 32 ust. 2-4 ustawy o VAT; t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.).

Zgodnie bowiem z art. 89a ust. 7 ustawy o VAT, w przypadku transakcji z takimi podmiotami wierzycielowi ulga na złe długi nie przysługuje. Brak jest natomiast analogicznego wyłączenia w art. 89b ustawy o VAT, dotyczącym obowiązków dłużnika. Oznacza to, że dłużnik zobowiązany jest do korekty odliczenia w przypadku braku zapłaty do końca okresu rozliczeniowego, w którym upłynął 150. dzień od terminu płatności. Tymczasem jego wierzyciel będący podmiotem powiązanym pozbawiony jest prawa do obniżenia podstawy opodatkowania oraz podatku.

Należy zaznaczyć, że opisane wyłączenie w przypadku transakcji z podmiotami powiązanymi budzi istotne wątpliwości z punktu widzenia zgodności z przepisami unijnymi.

Mimo że nowelizacja art. 89a i 89b ustawy o VAT wprowadzona tzw. ustawą deregulacyjną była reklamowana jako udogodnienie dla podatników, to biorąc pod uwagę całokształt tych zmian (w tym omawianą asymetrię w rozliczeniach między podmiotami powiązanymi), zmiany te wcale nie wydają się tak korzystne. Dla dużej części podmiotów (nie tylko powiązanych) są one zdecydowanie negatywne.