Przepisy o pomocy publicznej dla działających w specjalnych strefach ekonomicznych są dziurawe. Nie przewidują, że inwestycja czasem nie mieści się na terenie SSE i musi wyjść poza jej obręb. Przykładem rurociąg.
Niedawno Naczelny Sąd Administracyjny orzekł, że wydatki na rurociąg, który musi wyjść poza geograficzny teren specjalnej strefy ekonomicznej, nie uprawniają do zwolnienia podatkowego, nawet jeżeli są one niezbędne, by w ogóle móc prowadzić działalność w strefie (wyrok z 11 października 2016 r., sygn. akt II FSK 2702/14).
To tylko przykład licznych sporów pomiędzy fiskusem a przedsiębiorcami działającymi zarówno w obrębie strefy, jak i poza nią. Fiskus konsekwentnie twierdzi, że koszty inwestycji poza SSE nie mogą być objęte limitem pomocy publicznej. Uważa, że podatnicy są związani geograficznymi ramami strefy. Mogą zatem korzystać ze zwolnienia przewidzianego w art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT tylko w takim zakresie, w jakim jest to związane z realizacją inwestycji na terenie SSE. Po to w końcu te strefy tworzono – aby promować zatrudnienie i rozwijać gospodarczo konkretne rejony kraju – twierdzą organy.