Zakres obowiązków dotyczących JPK_CIT nie zawsze jest jasny

Z kolei Mateusz Rychlik, doradca podatkowy, starszy menedżer w zespole ds. podatku dochodowego od osób prawnych w KPMG w Polsce, jest zdania, że liczba i zakres zapytań zgłaszanych w ramach interpretacji indywidualnych pokazuje, że w wielu przypadkach przepisy wprowadzające obowiązek JPK_CIT nie dają jednoznacznej odpowiedzi co do kręgu podmiotów objętych raportowaniem. –Często wątpliwości te mogą zostać rozstrzygnięte w drodze uzyskania własnej interpretacji indywidualnej, jednak jak można zaobserwować, trzeba w takim przypadku liczyć się z tym, że prezentowane stanowiska bywają niespójne – zaznacza ekspert.

Zagraniczni przedsiębiorcy

Eksperci zgadzają się z dyrektorem Krajowej Informacji Skarbowej, że zagraniczny przedsiębiorca prowadzący w Polsce działalność gospodarczą, w formie innej niż oddział lub przedstawicielstwo (tj. mający zakład na potrzeby opodatkowania dochodu w Polsce) nie będzie zobowiązany do składania JPK_KR_PD oraz JPK_ST_KR w ramach obowiązków związanych z JPK_CIT (interpretacja indywidualna z 3 lipca 2025 r., sygn. 0111-KDIB2-1.4010.245.2025.1.DD). – Zakład podatkowy (ang. permanent establishment) nie jest autonomicznym bytem prawnym, lecz stanowi jedynie koncepcję istniejącą na gruncie prawa podatkowego i jako taki, nie jest zobowiązany do prowadzenia ksiąg rachunkowych, które powinny podlegać raportowaniu – wyjaśnia Mateusz Rychlik.

Wtóruje mu dr Aleksander Łożykowski, doradca podatkowy i radca prawny w Kancelarii LTCA Zarzycki Niebudek Kubicz sp.k., który dodaje, że jeśli zagraniczny przedsiębiorca utworzył w Polsce oddział samobilansujący się dla celów rachunkowych, to powinien on raportować JPK_CIT w takim zakresie, w jakim księgi rachunkowe są prowadzone przez ten oddział i rozlicza się on w ramach zakładu z podatku dochodowego w Polsce. Potwierdza to stanowisko wyrażone w interpretacji indywidualnej dyrektora KIS z 26 listopada 2024 r. sygn. 0114-KDIP2-2.4010.454.2024.2.AP. – Podejście zaprezentowane w tym zakresie nie powinno z kolei budzić zastrzeżeń, gdyż oddziały przedsiębiorców zagranicznych są na mocy właściwych przepisów zobowiązane do samodzielnego prowadzenia stosownej ewidencji rachunkowej w Polsce – uważa Mateusz Rychlik.

Uwaga! W interpretacji tej dyrektor KIS uznał, że tylko przychody polskiego oddziału zagranicznej spółki (jako przychody podatkowe) powinny być brane pod uwagę w celu ustalenia ewentualnego przekroczenia limitu 50 mln euro dla celów JPK_CIT. Oznacza to, że limitu nie stosuje się do przychodów generowanych przez podatnika będącego nierezydentem, lecz tylko do tych, które zostały wygenerowane przez podatnika w wyniku działalności jego oddziału położonego na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej.

– Innymi słowy, w celu ustalenia progu dla podmiotów zagranicznych kluczowe są przychody podlegające opodatkowaniu w Polsce – mówi Rafał Kran.

Oddziały w innych krajach

Mogłoby się wydawać, że w podobny sposób powinny być potraktowane polskie spółki, które mają oddziały zagraniczne sporządzające samodzielne sprawozdania finansowe (samobilansujące). Aleksander Łożykowski zwraca uwagę, że JPK_CIT to obowiązek przesyłania ksiąg rachunkowych w ustrukturyzowanej formie, a na podstawie przepisów o rachunkowości jednostka obowiązana jest do prowadzenia ewidencji rachunkowej tylko w zakresie jednostki macierzystej i z wyłączeniem zagranicznych oddziałów samobilansujących się. – Można byłoby sądzić, że jednostka obowiązana jest do przesyłania jedynie ksiąg rachunkowych prowadzonych przez siebie, z wyłączeniem tych prowadzonych przez samobilansujące oddziały zagraniczne, skoro są to inne jednostki w rozumieniu przepisów o rachunkowości – mówi ekspert z LTCA. Dodaje, że na bazie wcześniejszych struktur JPK_KR przesyłanych na żądanie, dyrektor KIS potwierdził to rozumowanie (tak w interpretacji indywidualnej z 31 października 2023 r., sygn. 0114-KDIP1-2.4012.333.2023.2.GK), ale teraz organ twierdzi inaczej, mimo że istota regulacji właściwie nie zmieniła się.

Uwaga! Źródłem kontrowersji jest interpretacja indywidualna z 14 marca 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-2.4010.745.2024.1.AW, w której dyrektor KIS uznał, że polska spółka macierzysta musi prowadzić księgi przy użyciu programów komputerowych oraz przesyłać je właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego po zakończeniu roku podatkowego także w odniesieniu do zagranicznych oddziałów spółki.

– Podejście to nie zasługuje na aprobatę, bowiem co do zasady, na potrzeby bilansowe oddziały zagraniczne należy traktować jako odrębne jednostki prowadzące księgi rachunkowe według zasad obowiązujących w kraju, w którym dany oddział ma siedzibę – mówi Mateusz Rychlik. Ekspert dodaje, że kwestia raportowania ksiąg oddziałów zagranicznych w celu realizacji obowiązku JPK_CIT może wiązać się z problemami natury technicznej w związku z koniecznością dostosowania tych ksiąg do wymogów przewidzianych według struktury logicznej.

Zdaniem Aleksandra Łożykowskiego podatnicy mogą powalczyć przed sądami administracyjnymi o zmianę stanowiska w zakresie konieczności raportowania JPK_CIT w zakresie zagranicznych oddziałów samobilansujących się zgodnie z zagranicznymi przepisami. – To byłoby znaczne ułatwienie dla podatników znajdujących się w takiej sytuacji – uważa ekspert z LTCA. Dodaje, że podmioty z oddziałami samobilansującymi się powinny szczególną uwagę poświęcić przygotowaniu się do wdrożenia JPK_CIT, tak aby zapewnić możliwość łączenia danych i ich przesłania do naczelnika urzędu skarbowego.

Jeden czy kilka plików JPK_CIT

Eksperci mają również pewne zastrzeżenia do stanowiska wyrażonego w interpretacji indywidualnej z 11 lipca 2025 r., sygn. 0111-KDIB1-2.4010.194.2025.1.END. Dyrektor KIS uznał w niej, że nie jest możliwe złożenie osobnych plików JPK_CIT przez jednostki organizacyjne podatnika, które prowadzą odrębne księgi rachunkowe, gdyż obowiązek ten powinien zostać zrealizowany całościowo przez samego podatnika. – Chociaż takie podejście wynika z literalnego odczytywania przepisów, to dla podatników może oznaczać problem techniczny wymagający istotnego przemodelowania dotychczasowych systemów księgowych lub przynajmniej sposobu księgowania, a implementacja odpowiednich rozwiązań może trwać kilka miesięcy – mówi Rafał Kran. Wtóruje mu Aleksander Łożykowski, który uważa, że zasadne jest pytanie, czy w tym zakresie nie powinny zostać zmienione regulacje, ponieważ dla takich podatników, którzy mają polskie oddziały samobilansujące się, łączenie ksiąg będzie uciążliwe, a wartości z tego dodanej dla fiskusa wielkiej nie będzie, oprócz tego, że sam nie będzie musiał tego robić.

Z kolei według Mateusza Rychlika to stanowisko dyrektora KIS stoi poniekąd w sprzeczności z poglądem wyrażonym w innej interpretacji z 20 lutego 2025 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.756.2024.1.ZK). W jej myśl w związku z połączeniem podmiotów w trakcie roku została zaakceptowana możliwość złożenia dwóch osobnych plików JPK_KR_PD i JPK_ST_KR, z czego jeden miałby obejmować dane spółki przejmowanej do dnia połączenia, zaś drugi dane spółki przejmującej. Ekspert dodaje, że z wyjaśnień przekazywanych przez Ministerstwo Finansów wynika, że istnieje możliwość dzielenia pliku JPK_KR_PD na mniejsze, a zatem potencjalnie mogłyby one być generowane przez każdą jednostkę osobno, przy czym w takim przypadku należałoby zapewnić, aby zachowana była ciągłość zapisów.

Inne wyzwania

Mateusz Rychlik zwraca uwagę, że niezależnie od wątpliwości dotyczących zakresu podmiotowego przepisów wprowadzających obowiązek JPK_CIT, dotychczasowe doświadczenia zgromadzone w ramach przygotowań do raportowania u różnych podmiotów pokazują, że proces ten wiąże się z wieloma wyzwaniami. – W szczególności należy tu wskazać na aspekty związane z koniecznością odpowiedniego dostosowania sposobu prowadzenia ksiąg, w tym wprowadzenia zmian do funkcjonującego w organizacji planu kont na potrzeby prezentacji różnic między wynikiem bilansowym i podatkowym, a także kwestie dotyczące wyboru właściwych znaczników (zarówno księgowych, jak i podatkowych), jakie należy przypisać na poziom poszczególnych kont – mówi ekspert. Jego zdaniem potencjalne problemy mogą również wystąpić na samym etapie wdrożenia narzędzi umożliwiających generowanie plików JPK_CIT, zarówno w kontekście możliwości technicznych związanych m.in. z jednoczesnym nałożeniem się obowiązku w zakresie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF), jak i faktycznej dostępności niektórych danych podlegających ujęciu w ramach struktur logicznych.

Na inną kwestię zwraca uwagę Aleksander Łożykowski. – Administracja skarbowa dotychczas bez kontroli podatkowej nie wiedziała praktycznie nic o rozliczeniu podatku dochodowego, natomiast po przesłaniu pliku JPK-CIT / JPK-PIT będzie wiedziała bardzo dużo – mówi doradca podatkowy z LTCA. Według niego w przypadku JPK w podatku dochodowym mniejszym problemem dla podatników są same kwestie wdrożeniowe, chociaż tutaj jest wiele praktycznych trudności związanych z mapowaniem kont, z oddziałami samobilansującymi się, oznaczaniem kontrahentów, ewidencją środków trwałych, różnicami przejściowymi, odpowiednim oznaczaniem dokumentacji. – Tak naprawdę większym zmartwieniem dla podatników jest to, czy są przygotowani na to, że administracja skarbowa będzie w stanie po przesłaniu plików JPK sprawdzić zdalnie o wiele więcej i zadać np. w ramach czynności sprawdzających bardzo konkretne i niewygodne pytania np. o daną transakcję, o sposób ujęcia wydatków w kosztach, o likwidację środka trwałego, czy relacje z podmiotem powiązanym – uważa ekspert. ©℗