Sąd orzekł, że do zawieszenia biegu terminu przedawnienia podatku dochodzi tylko wtedy, gdy organ prowadzący postępowanie podatkowe zwraca się do sądu powszechnego o rozstrzygnięcie wątpliwości dotyczących istnienia stosunku prawnego lub prawa.

Proces z kontrahentem spółki

Chodziło o spółkę działającą w branży budowlanej, która korzystała z usług podwykonawcy. Ten w sierpniu 2015 r. wystawił końcową fakturę obejmującą większość wykonanych prac. Spółka uznała jednak, że wskazana w niej kwota nie odpowiada rzeczywistemu zakresowi wykonanych robót. W konsekwencji nie ujęła tej faktury w swojej ewidencji VAT i nie odliczyła wynikającego z niej podatku naliczonego. Podobnie uczyniła w odniesieniu do podatku dochodowego - nie ujęła tej faktury w kosztach uzyskania przychodów dotyczących 2015 r.

Spór o zakres wykonanych robót trafił do sądu powszechnego, który ostatecznie – prawomocnym wyrokiem z marca 2021 r. – uznał, że podwykonawca wykonał roboty za niższą kwotę niż zostało to wskazane na fakturze.

Co z przedawnieniem?

Spółka uważała, że choć nie odliczyła VAT w momencie otrzymania faktury, to nadal ma prawo do korekty deklaracji za sierpień 2015 r. i do odliczenia podatku naliczonego – w granicach ustalonych przez sąd powszechny. Uważała, że bieg terminu przedawnienia uległ zawieszeniu na czas procesu, zgodnie z art. 70 par. 6 pkt 3 ordynacji podatkowej. Przepis ten stanowi, że „bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wniesienia żądania ustalenia przez sąd powszechny istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego lub prawa”.

Tylko, gdy organ wystąpi do sądu

Spór z fiskusem toczył się o to, o czyim żądaniu mowa w tym przepisie.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej stwierdził, że art. 70 par. 6 pkt 3 ordynacji ma zastosowanie wyłącznie wtedy, gdy to organ podatkowy występuje do sądu powszechnego w trybie art. 199a par. 3 ordynacji.

W tej natomiast sprawie postępowanie sądowe zostało zainicjowane przez spółkę i jej kontrahenta, a nie przez organ podatkowy – zauważył dyrektor KIS. Dlatego uznał, że nie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a tym samym prawo spółki do dokonania korekty deklaracji VAT i odliczenia podatku wygasło z upływem pięciu lat od końca 2015 r., czyli z końcem 2020 r.

Prawo do korekty wygasło

Sądy przyznały mu rację. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie (sygn. akt I SA/Kr 69/22) potwierdził, że bieg terminu przedawnienia zostaje zawieszony zgodnie z art. 70 par. 6 pkt 3 ordynacji tylko wtedy, gdy to organ podatkowy – prowadząc postępowanie podatkowe – sam wystąpi do sądu powszechnego o rozstrzygnięcie wątpliwości dotyczących istnienia stosunku prawnego lub prawa.

Nie doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia

Tak samo orzekł NSA. Podkreślił, że przesłanka wskazana w art. 70 par. 6 pkt 3 ordynacji podatkowej jest ściśle związana z art. 199a par. 3 ordynacji. Zatem do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia dochodzi tylko wtedy, gdy to organ prowadzący postępowanie podatkowe zwróci się do sądu powszechnego.

- Próba zaproponowania odmiennej wykładni nie znajduje aprobaty NSA. Inny sposób rozumienia tego przepisu prowadziłby do tego, że właściwie to strona – poprzez kierowanie poszczególnych kwestii do sądu powszechnego – decydowałaby o tym, jaki będzie wynik postępowania podatkowego – zwróciła uwagę sędzia Małgorzata Niezgódka-Medek.

Wyrok NSA z 17 lipca 2025 r., sygn. akt I FSK 1913/22