Przez długi czas zarówno fiskus, jak i sądy administracyjne (np. wyrok WSA w Łodzi z 12 lutego 2020 r., sygn. akt I SA/Łd 754/19; wyrok WSA w Lublinie z 5 grudnia 2018 r., sygn. akt I SA/Lu 565/18) uznawały, że w odniesieniu do tego rodzaju inwestycji gmina działa jako podatnik VAT, a otrzymana dotacja powinna być uwzględniana w podstawie opodatkowania.

Dofinansowanie na przydomowe oczyszczalnie ścieków

Sprawa, która ostatnio trafiła na wokandę NSA, dotyczyła budowy 34 przydomowych oczyszczalni ścieków. Gmina zamierzała zrealizować inwestycję, korzystając częściowo z funduszy unijnych, a częściowo z wpłat mieszkańców. Twierdziła, że otrzymane dofinansowanie z Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich nie powinno być uwzględniane w podstawie opodatkowania podatkiem VAT, ponieważ – jej zdaniem – nie miało bezpośredniego wpływu na cenę świadczonej usługi.

Uważała, że podstawą opodatkowania będzie wyłącznie kwota wpłacona przez mieszkańców, pomniejszona o należny VAT. Dodatkowo gmina twierdziła, że przysługuje jej pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego oraz że przekazanie przydomowych oczyszczalni mieszkańcom po 10 latach nie będzie stanowiło odrębnej czynności opodatkowanej VAT.

Dotacja opodatkowana VAT

Organ podatkowy stwierdził, że – zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT – do podstawy opodatkowania należy wliczyć również dotację. Uznał, że dofinansowanie otrzymane z funduszy unijnych stanowi wynagrodzenie od osoby trzeciej, mające bezpośredni wpływ na cenę świadczonej usługi. Wyjaśnił, że dzięki otrzymaniu dotacji gmina mogła zaoferować mieszkańcom niższy koszt uczestnictwa w projekcie.

W pozostałych kwestiach dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zgodził się z gminą. Potwierdził, że ma ona prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego, ponieważ całość wydatków związanych z budową oczyszczalni będzie służyła czynnościom opodatkowanym. Wskazał również, że przekazanie mieszkańcom przydomowych oczyszczalni na własność po 10 latach nie będzie odrębną czynnością opodatkowaną.

Tego samego zdania był Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy (sygn. akt I SA/Bd 700/21). Zgodził się, że dofinansowanie unijne należy traktować jako dotację mającą bezpośredni wpływ na cenę usługi, a zatem powinna być ona zaliczona do podstawy opodatkowania podatkiem VAT, zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. WSA wskazał, że skoro bez dotacji projekt nie mógłby zostać zrealizowany, a dzięki niej cena dla mieszkańców została obniżona, to stanowi ona część zapłaty za świadczoną usługę.

Gmina nie prowadzi działalności gospodarczej

Innego zdania był Naczelny Sąd Administracyjny, który uchylił wyrok WSA i interpretację indywidualną dyrektora KIS. Powołał się na orzeczenie TSUE z 30 marca 2023 roku w sprawie C-612/21.

Trybunał odniósł się wówczas do instalowania odnawialnych źródeł energii na nieruchomościach należących do mieszkańców gminy. Właściciele nieruchomości ponosili część kosztów, a pozostałą kwotę pokrywała gmina ze środków publicznych. Trybunał zdecydował, że w takiej sytuacji gmina nie działa jako podatnik VAT – o ile jej działalność nie ma na celu osiągania stałego dochodu i skutkuje zapłatą przez mieszkańców kwot pokrywających najwyżej jedną czwartą kosztów, a pozostała część finansowana jest ze środków publicznych.

Jak wskazała sędzia Elżbieta Olechniewicz, wyrok ten można odnieść również do realizacji inwestycji budowy przydomowych oczyszczalni ścieków.

- Nie jest istotne, czy otrzymana dotacja wpływa na cenę w kontekście art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, ponieważ należy przyjąć, że w tym zakresie gmina w ogóle nie prowadzi działalności gospodarczej – podkreśliła sędzia Olechniewicz.

Wyrok NSA z 1 lipca 2025 r., sygn. akt I FSK 452/22