Ulga na innowacyjnych pracowników pozwala na kilkakrotne osiąganie korzyści podatkowej

Polski system podatkowy przewiduje kilka mechanizmów wspierających innowacyjne przedsiębiorstwa. Jedną z takich ulg jest, funkcjonująca już od wielu lat w ustawie o CIT, ulga na badania i rozwój, w odniesieniu do której wykształciła się stosunkowo ugruntowana praktyka organów podatkowych, jak i szeroki dorobek orzeczniczy sądów administracyjnych.

Natomiast od 1 stycznia 2022 r. do ustawy o CIT ustawodawca wprowadził dodatkowo ulgę na innowacyjnych pracowników, która w praktyce rozbudowuje ulgę na badania i rozwój. Jest to spowodowane tym, że ulga na innowacyjnych pracowników nie może funkcjonować samodzielnie, bowiem wymaga wykorzystania tzw. kosztów kwalifikowanych, które powstają wyłącznie na gruncie ulgi na badania i rozwój.

Oznacza to, że ustawodawca celowo powiązał obie ulgi, tworząc możliwość dodatkowej optymalizacji kosztowej dla podatników prowadzących działalność badawczo-rozwojową, zwłaszcza tych, którzy zatrudniają wysoko wykwalifikowanych specjalistów. Koszty wynagrodzeń takich pracowników, wraz ze składkami na ubezpieczenia społeczne, mogą bowiem zostać uznane za koszty kwalifikowane proporcjonalnie do czasu pracy poświęconego przez nich na realizację projektów badawczo-rozwojowych.

Warto podkreślić, że katalog kosztów, które można uznać za kwalifikowane, jest szeroki i obejmuje m.in. wydatki na nabycie materiałów czy koszty związane z uzyskaniem patentu. Szczególnie korzystna dla podatników jest możliwość rozpoznania wynagrodzeń pracowników jako kosztów kwalifikowanych w podwójnej wysokości. W przypadku pozostałych kategorii kosztów możliwość ich zwiększenia uzależniona jest natomiast od spełnienia dodatkowych warunków, takich jak:

• posiadanie odpowiedniego statusu przedsiębiorcy w rozumieniu ustawy z 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 236; ost.zm. Dz.U. z 2025 r. poz. 622) lub
• uzyskanie statusu centrum badawczo-rozwojowego na gruncie ustawy z 30 maja 2008 r. o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej (t.j. Dz.U. z 2022 r. poz. 2474).

Po zakończeniu roku podatkowego, ustalona w przedstawiony sposób wartość kosztów kwalifikowanych może pomniejszyć podstawę opodatkowania w zeznaniu CIT.

Jednocześnie nieodliczone koszty kwalifikowane w danym roku podatkowym, np. z powodu podstawy opodatkowania niższej od wysokości dostępnych kosztów kwalifikowanych, mogą zostać rozliczone w sześciu kolejnych latach podatkowych.

Z kolei podatnicy, którzy równolegle korzystają z ulgi na innowacyjnych pracowników, mogą dodatkowo zagospodarować nieodliczoną część kosztów kwalifikowanych z danego roku podatkowego. W praktyce oznacza to, że są oni uprawnieni do pomniejszenia płatności z tytułu należnych zaliczek na PIT o wartość odpowiadającą iloczynowi nieodliczonych kosztów kwalifikowanych oraz obowiązującej u podatnika stawki CIT.

Dodatkowa korzyść

Opisane podejście jest już powszechnie stosowane przez podatników łączących ulgę na badania i rozwój z ulgą na innowacyjnych pracowników. Warto podkreślić, że mimo pewnych sporów i wątpliwości związanych z ulgą na innowacyjnych pracowników, organy podatkowe w interpretacjach indywidualnych konsekwentnie akceptują możliwość ich równoczesnego rozliczania w opisany sposób.

W takim stanie faktycznym podatnik, stosujący ulgę na badania i rozwój oraz ulgę na innowacyjnych pracowników, a także posiadający wysokie nieodliczone koszty kwalifikowane z tytułu wynagrodzeń pracowników, złożył do dyrektora KIS wniosek o interpretację. Zapytał w nim, czy będzie uprawniony do ujęcia w kosztach uzyskania przychodów wynagrodzeń brutto specjalistów, także w części, która dotyczy zaliczek na PIT nieprzekazanych na rachunek urzędu skarbowego w związku z zastosowaniem ulgi na innowacyjnych pracowników.

Podatnik we wniosku o interpretację indywidualną wskazał, że ustawa o CIT, w tym przepisy regulujące ulgę na innowacyjnych pracowników, nie wprowadzają żadnych specyficznych zasad w zakresie zaliczania do kosztów uzyskania przychodów zaliczek na PIT. W konsekwencji, zdaniem podatnika, powinien on mieć prawo do rozpoznania w kosztach podatkowych wynagrodzenia brutto, tj. wraz z kwotą niezapłaconej zaliczki PIT, jeżeli wynagrodzenie, na gruncie art. 15 ust. 4g w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 57 ustawy o CIT, zostało wypłacone, dokonane lub postawione do dyspozycji pracownika.

Uzasadniając swoje stanowisko, podatnik odwołał się do literalnej treści przytoczonych powyżej przepisów. Wskazał, że ustawa o CIT nie kreuje w tym zakresie żadnych specyficznych ograniczeń, a dodatkowo argumentował, że inne rozstrzygnięcie byłoby sprzeczne z zasadą pierwszeństwa wykładni literalnej, a także wyrażaną w literaturze podatkowej oraz doktrynie prawa podatkowego zasadą pewności i przewidywalności prawa podatkowego. Z tą argumentacją zgodził się dyrektor KIS, odstępując od uzasadnienia prawnego swojej oceny.

Konsekwencje dla podatników

Przedstawiona interpretacja indywidualna potwierdza możliwość zastosowania bardzo korzystnego podejścia, które w przypadku podatników prowadzących działalność badawczo-rozwojową i zatrudniających liczną, wysoko opłacaną kadrę specjalistów, może w istotny sposób obniżyć faktyczne obciążenie podatkowe. Wynika to z możliwości trzykrotnego wykorzystania tych samych kosztów w rozliczeniach podatkowych. Koszty wynagrodzeń, które stają się kosztami kwalifikowanymi, są bowiem w pierwszej kolejności podwajane i pomniejszają podstawę opodatkowania wykazaną w zeznaniu CIT. Następnie, ich nieodliczona część może zostać wykorzystana do obniżenia płatności z tytułu należnych zaliczek na PIT. Ostatecznie, zgodnie ze wspomnianą interpretacją indywidualną, niezapłacone zaliczki PIT mogą zostać rozpoznane jako koszt uzyskania przychodu, który dodatkowo obniża podstawę opodatkowania.

Warto dodać, że dotychczas podatnicy nie zwracali się do dyrektora KIS z pytaniami o stanowisko w podobnej sprawie, co wynika z tego, że ulga na innowacyjnych pracowników jest stosunkowo nową regulacją w ustawie o CIT. W konsekwencji pozytywne rozstrzygnięcie przedstawionej wątpliwości może stanowić dla podatników dodatkową zachętę do wdrożenia ulgi na innowacyjnych pracowników, zwłaszcza w sytuacji, gdy korzystają już z ulgi na badania i rozwój oraz dysponują wysokimi, nierozliczonymi kosztami kwalifikowanymi, w szczególności z tytułu wynagrodzeń specjalistów, którzy większość czasu pracy poświęcają na działalność badawczo-rozwojową.