Podatnicy realizujący na szerszą skalę dostawy wewnątrzwspólnotowe nierzadko miewają kłopoty z numerami VAT unijnych kontrahentów. Zdarza się, że z powodu niedopełnienia formalności zagraniczny przedsiębiorca został wykreślony z rejestru podatników VAT lub też zbyt późno złożył zgłoszenie rejestracyjne. W takich przypadkach, o ile nie doszło do oszustwa podatkowego, brak jest podstaw do kwestionowania stawki 0 proc. VAT z tytułu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów. Potwierdza to wyraźnie wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE z 27 września 2012 r. w sprawie VSTR (sygn. C-587/10).
Trybunał stwierdził, że samo to, iż sprzedający nie może wskazać numeru VAT nabywcy, nie może być podstawą do kwestionowania stawki 0 proc. Wyjaśnił przy tym, że jeżeli dostawca działał w dobrej wierze i podjął wszystkie środki, które – rozsądnie rzecz biorąc – mogły być od niego wymagane, a mimo to nie był w stanie uzyskać numeru identyfikacji kontrahenta, jednocześnie zaś przedstawił przesłanki w wystarczający sposób wskazujące, że nabywca był podatnikiem VAT i działał w tym charakterze w analizowanych transakcjach, to stawka 0 proc. miała zastosowanie.
Należy jednak pamiętać, że wykreślenie kontrahenta z rejestru podatników może być efektem ustaleń zagranicznych organów podatkowych, które doszły do wniosku, że dokonywał on oszustw w VAT. W takim przypadku nie pozostaje oczywiście nic innego, jak rezygnacja z jakichkolwiek operacji gospodarczych z jego udziałem.