Problem dotyczy miast na prawach powiatu, w których prezydent reprezentuje nie tylko miasto, lecz także – jako starosta – interesy Skarbu Państwa w sprawach gospodarowania nieruchomościami. Z tego powodu miasto uważało, że jeśli zamieni swoje nieruchomości na inne, należące do Skarbu Państwa, to nie zapłaci VAT. Wprawdzie dojdzie do zamiany w sensie cywilnoprawnym, ale nie ekonomicznym. Miasto nie wyzbędzie się zatem władztwa ekonomicznego nad nieruchomościami. Po zamianie nadal pozostaną one we władaniu tego samego organu, reprezentującego zarówno miasto, jak i Skarb Państwa. Miasto powołało się przy tym na wyrok NSA (sygn. akt akt I FSK 1605/12).
Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie był innego zdania (interpretacja nr IPPP2/443-465/14-2/KOM). Kluczowe – uznał – nie jest to, że własność nieruchomości zostanie przeniesiona na tego samego podatnika, tylko to, że będzie przeniesiona na inny podmiot. W tej sprawie ma to miejsce, bo własność nieruchomości zostanie przeniesiona z miasta na Skarb Państwa oraz ze Skarbu Państwa na miasto. Zmieni się zatem właściciel i miasto nie będzie już mogło dysponować dotychczasowymi nieruchomościami jak właściciel. Dyrektor izby wskazał przy tym na art. 23 ust. 1 pkt 7 ustawy o gospodarce nieruchomościami (t.j. Dz. U. z 2014 r. poz. 518 ze zm.), zgodnie z którym prezydent może zbyć nieruchomość należącą do zasobu Skarbu Państwa jedynie za zgodą wojewody. To samo dotyczy najmu i użyczenia takiej nieruchomości.