W sprawie specjalnych stref ekonomicznych fiskus pozostaje nieugięty. Żąda podatku od każdej aktywności podjętej poza nimi. Sądy są bardziej liberalne. Przekonuje je argument, że przedsiębiorca, aby utrzymać się na rynku, musi czasem wyjść z niektórymi działaniami poza SSE.
Spory jak zwykle toczą się o pieniądze, bo zwolnienie, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT (i odpowiednio art. 21 ust. 1 pkt 63a ustawy o PIT), dotyczy tylko tej części dochodów uzyskanych z działalności strefowej, która jest prowadzona na podstawie zezwolenia wydawanego zgodnie z ustawą o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j. Dz.U. z 2007 r. nr 42, poz. 274 ze zm.). Wysokość zwolnienia podatkowego zależy przede wszystkim od kosztów poniesionych przez przedsiębiorcę na nowe inwestycje lub od liczby utworzonych przez niego miejsc pracy (znaczenie ma także lokalizacja strefy i wielkość przedsiębiorcy).
Przedsiębiorcy chcą, by koszty rozliczane w ramach zwolnienia strefowego były jak najwyższe. Pozwala to z jednej strony na wzrost wielkości przysługującego im zwolnienia (liczonego procentowo od dochodu), a po drugie pomniejsza dochód do opodatkowania w strefie. Im większy koszt, tym mniejszy dochód. Dlatego tłumaczą, że koszty funkcjonowania magazynu poza strefą służą prowadzeniu działalności strefowej i jako takie powinny być rozliczane. W ich przekonaniu nie liczy się geograficzny obszar strefy, tylko to, czy działalność ma charakter pomocniczy.