Najnowszy wyrok NSA może przechylić szalę zwycięstwa w konflikcie z fiskusem na stronę dużych przedsiębiorców mających wydane przed 2001 r. zezwolenia na działalność w SSE. Eksperci uważają, że to dobry moment, by inwestorzy skorygowali rozliczenia i domagali się zwrotu nadpłaty

– Gra jest warta świeczki, bo może tyczyć dużych kwot podatku zapłaconego w nieprzedawnionych jeszcze okresach rozliczeniowych (od 2017 r.) – tłumaczy Mikołaj Wietrzny, ekspert ds. pomocy publicznej w Hickey & Associates.
Chodzi o skutki orzeczenia Naczelnego Sądu Administracyjnego z 19 lipca 2022 r. (sygn. akt II FSK 1986/20), które opisywaliśmy szerzej w artykule „Pionierzy działalności w strefach dłużej unikną podatku” (DGP nr 140/2022). Przypomnijmy, że potencjalnie może ono dotyczyć nawet 725 przedsiębiorców, którzy przed 1 stycznia 2001 r. uzyskali zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej w specjalnej strefie ekonomicznej (SSE).
– W praktyce waga problemu jest mniejsza, bo dotyczy on przede wszystkim firm mających status dużego przedsiębiorcy, które zdecydowały się na konwersję starego zezwolenia – mówi Mikołaj Wietrzny.
W przypadku małych i średnich przedsiębiorców, którzy mieli zezwolenia strefowe wydane przed 2001 r. sąd kasacyjny kilkukrotnie orzekał już, że zachowają one ważność do końca 2026 r. (wyroki NSA z 13 marca 2019 r., II FSK 3840/18), z 5 stycznia 2017 r., II FSK 3735/14, z 24 maja 2016 r., II FSK 692/14, z 13 maja 2015 r., II FSK 804/13). Duzi przedsiębiorcy takiego komfortu nie mają.

Specjalnych stref miało nie być

Przypomnijmy, że zezwolenia wydawane przed 1 stycznia 2001 r. były terminowe, a okres ich ważności wygasał najczęściej w latach 2016–2017. Na przełomie wieków zakładano, że wtedy nie będą już obowiązywać przepisy o SSE. Okazało się to błędnym założeniem, bo zgodnie z 14 rozporządzeniami Rady Ministrów z 23 lipca 2013 r. takie regulacje obowiązują do końca 2026 r.
Posiadacze starych zezwoleń strefowych mogli więc poczuć się dyskryminowani. Nawet jeśli terminowo nie wykorzystali całej przysługującej im pomocy publicznej, to w latach 2016–2017 fiskus zaczął twierdzić, że powinni już płacić CIT. Tymczasem posiadacze zezwoleń wydanych po 1 stycznia 2001 r. nadal mogli korzystać ze zwolnienia podatkowego, aż do wyczerpania limitu pomocy publicznej albo do końca 2026 r., gdy wygasną przepisy strefowe.
Pionierzy działalności strefowej zaczęli więc wchodzić w spory z fiskusem. Po swojej stronie mieli mocne argumenty.

Kłopotliwe nowelizacje przepisów

Wskazywali na skutki dwóch nowelizacji ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j. Dz.U. z 2020 r. poz. 1670 ze zm.), które miały ją dostosować do regulacji unijnych jeszcze przed 1 maja 2004 r. Najbardziej problematyczna okazała się nowelizacja z 2 października 2003 r. (Dz.U. nr 188, poz. 1840 ze zm.). Zgodnie z jej art. 5 mali i średni posiadacze starych zezwoleń strefowych zachowali prawo do korzystania z pomocy publicznej na dotychczasowych zasadach odpowiednio do końca 2011 r. i końca 2010 r. Duże przedsiębiorstwa zaś zachowały prawo wyłącznie do części (od 30 proc. do 75 proc. kosztów inwestycji poniesionych do końca 2006 r.) przysługującej im dotąd pomocy publicznej. Wiele z nich zdecydowało się w związku z tym zawnioskować do ministra ds. gospodarki o zmianę (konwersję) warunków zezwolenia. Pozwalał na to art. 6 nowelizacji z 2 października 2003 r. Do konwersji zachęcał pakiet preferencji, m.in.:
  • zwolnienie z podatku od nieruchomości, którego wysokość jest ustalana według stanu gruntów, budynków i budowli na 2000 r. i według stawek wówczas obowiązujących,
  • umorzenie zaległości podatkowych z tytułu podatku od nieruchomości dostępne dla przedsiębiorców, którzy zawarli umowę z gminą, w której zobowiązała się ona do zwolnienia inwestora z podatku od nieruchomości w trakcie działalności na terenie strefy,
  • dotacje z Funduszu Strefowego na nową inwestycję.
Równie atrakcyjne warunki konwersji obowiązywały do końca 2007 r. Po tej dacie nadal była ona dostępna, ale już na mniej korzystnych zasadach ogólnych.
W nowelizacji z 2003 r. brakowało jednak jasnego wskazania, czy konwersja zezwolenia oznacza, że przestało być ono terminowe i tak jak zezwolenia wydane po 1 stycznia 2001 r. będzie obowiązywać do końca 2026 r. (albo do chwili, gdy zostanie wykorzystany limit pomocy publicznej). Takiego zdania byli zaś inwestorzy. Fiskus kategorycznie się z tym nie zgadzał i żądał wpłacania podatku wraz z terminem wygaśnięcia starego zezwolenia. Sprawy trafiły więc do sądów.

Sprzeczne wyroki sądowe

NSA w najnowszym wyroku z 19 lipca br., ale też wcześniej w orzeczeniach z 1 marca 2018 r. (sygn. akt II GSK 5295/16) i z 6 sierpnia 2019 r. (II FSK 2725/17) przyznawał rację przedsiębiorcom. Sąd kasacyjny wskazywał, że celem nowelizacji z 2003 r. było „odejście od rozróżnienia zezwoleń z uwagi na okres ich obowiązywania i zrównanie ich przez jednolite określenie daty końcowej jako daty funkcjonowania SSE”. Skoro bowiem zmieniała ona warunki korzystania ze starych zezwoleń, to wydłużała też okres ich obowiązywania. Słowem w latach 2016–2017 pionierzy działalności strefowej, którzy wystąpili o ich konwersję i nie wykorzystali jeszcze całej przysługującej im pomocy publicznej, nie musieli płacić podatku dochodowego.
Innego zdania był NSA w wyrokach z 31 lipca 2019 r. (II FSK 2482/17) i z 12 sierpnia 2019 r. (II FSK 2998/17). Przekonywał w nich, że „Podatnik z góry wiedział, kiedy zostanie zamknięte wspomniane okno pomocy publicznej, i tylko od niego zależało, czy z ulg tych skorzysta”. Upływ daty określonej w starym zezwoleniu oznaczał więc, że inwestor powinien zacząć płacić podatki. Sąd kasacyjny mimo sprzecznego orzecznictwa nie zdecydował się dotąd na skierowanie pytania do swojego poszerzonego składu orzekającego, co mogłoby skutkować wydaniem wiążącej uchwały.
Jak wskazuje dr Michał Bernat, radca prawny i doradca podatkowy w Dentons, inwestorzy próbowali jeszcze innej ścieżki postępowania.
– Inwestorzy argumentują, że część starego zezwolenia, która określała dzienną datę jego wygaśnięcia, przestała obowiązywać na skutek zmiany stanu prawnego. To oznacza, że podobnie jak nowe zezwolenia mogłyby one obowiązywać aż do wyczerpania limitu pomocy publicznej albo do końca 2026 r. Podstawą prawną jest w tym przypadku art. 162 kodeksu postępowania administracyjnego – tłumaczy ekspert.
Takiego zdania był np. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w prawomocnych wyrokach z 22 lipca 2021 r. (V SA/357/21) i z 6 listopada 2019 r. (VI SA/Wa 197/19).
– Niezależnie od wybranej ścieżki postępowania wydaje się, że najnowszy wyrok NSA powinien skłonić przedsiębiorców mających skonwertowane i nie w pełni wykorzystane zezwolenie strefowe do ponownej analizy swojej sytuacji. Droga sądowa wydaje się dawać coraz większe nadzieje na wywalczenie prawa do dłuższego rozliczania ulgi podatkowej – uważa Mikołaj Wietrzny.
Ekspert zachęca również przedsiębiorców, aby składali wnioski o zmianę zezwoleń do ministra rozwoju.
– Dotąd były one przyjmowane niechętnie, ale nie wykluczam, że najnowsze stanowisko NSA będzie argumentem, który przekona resort do zmiany podejścia – podsumowuje ekspert Hickey & Associates.©℗
Jak orzekają sądy administracyjne
Zezwolenia wydane przed 2001 r. wygasły wraz z określoną w nich datą Zezwolenia wydane przed 2001 r. obowiązują do końca 2026 r. lub do dnia wyczerpania limitu pomocy publicznej Zezwolenia wydane przed 2001 r. nie obowiązują, ale tylko w części, w której określony był termin ich wygaśnięcia
1. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 31 lipca 2019 r. (II FSK 2482/17)2. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 12 sierpnia 2019 r. (II FSK 2998/17) 1. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 19 lipca 2022 r. (II FSK 1986/20)2. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 6 sierpnia 2019 r. (II FSK 2725/17)3. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 1 marca 2018 r. (II GSK 5295/16)4. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach z wyroku z 3 sierpnia 2021 r. (I SA/Gl 408/21) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w prawomocnym wyroku z 6 listopada 2019 r. (VI SA/Wa 197/19)Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w prawomocnym wyroku z 22 lipca 2021 r. (V SA/Wa 357/21)