Miasto było właścicielem działki, na której planowano budowę odcinka drogi krajowej. W efekcie, zgodnie z art. 12 ust. 4 ustawy o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych (Dz.U. z 2008 r. nr 193, poz. 1194 z późn. zm., dalej: ustawa o realizacji inwestycji), nieruchomość z mocy prawa stała się własnością Skarbu Państwa (nastąpiło wywłaszczenie). W związku z tym miastu należało się odszkodowanie, którego wysokość ustalił wojewoda. Wypłata miała jednak nastąpić ze środków budżetowych miasta. Zgodnie bowiem z art. 3 ust. 3 ustawy o finansowaniu transportu lądowego (Dz.U. z 2005 r. nr 267, poz. 2251 z późn. zm.) w związku z art. 22 ust. 1 ustawy o realizacji inwestycji, w granicach miast na prawach powiatu zadania w zakresie m.in. finansowania, budowy i zarządzania drogami publicznymi, z wyjątkiem autostrad i dróg ekspresowych, finansowane są z budżetów tych miast.

W rezultacie własność nieruchomości przeszła na Skarb Państwa, ale prawo władania dalej miało miasto. Zgodnie z art. 20 ustawy o realizacji inwestycji prawo trwałego zarządu otrzymała bowiem samorządowa jednostka organizacyjna, w tym przypadku Miejski Zarząd Dróg.

Miasto uważało, że przejście z mocy prawa nieruchomości miejskiej na rzecz Skarbu Państwa nie podlega opodatkowaniu VAT. Minister finansów uznał jednak, że transakcja jest opodatkowana. Argumentował, że doszło do dostawy towarów, mimo że wydającym i przejmującym nieruchomość jest ten sam podatnik VAT. Rozlicza on jednak dwa różne podmioty: najpierw występuje jako miasto – właściciel nieruchomości, a potem reprezentuje Skarb Państwa, czyli nabywcę. Własność działki została więc przeniesiona na tego samego podatnika, ale na inny podmiot.

WSA w Rzeszowie się z tym nie zgodził. Wyjaśnił, że zarówno przed przejęciem nieruchomości, jak i po nim, działka znajdowała się we władaniu tego samego podmiotu – prezydenta miasta. Nie doszło więc do przeniesienia prawa do rozporządzania rzeczą jak właściciel (nie nastąpiło przekazanie ekonomicznego władztwa), skoro nieruchomością nadal będzie gospodarować prezydent. Wywłaszczenie nieruchomości będącej własnością miasta na rzecz Skarbu Państwa doprowadziło więc do zmian stosunków własnościowych zgodnie z regułami prawa cywilnego, jednak na gruncie prawa podatkowego taka czynność nie może być uznana za dostawę towarów. Nie podlega więc VAT. Wyrok jest nieprawomocny.

Wyrok WSA w Rzeszowie z 2 lipca 2013 r., sygn. akt I SA/Rz 360/13.