Zgodnie z najnowszą praktyką organów podatkowych stawka VAT na usługi budowlane w instytucjach ochrony zdrowia, takich jak domy opieki czy spokojnej starości, które świadczą usługi zakwaterowania z opieką lekarską i pielęgniarską np. dla ludzi starszych i niepełnosprawnych, wynosi 8 proc. Jeżeli z kolei usługi budowlane wykonywane są w szpitalu, a więc w obiekcie, którego podstawową funkcją nie jest świadczenie usług zakwaterowania z opieką lekarską i pielęgniarską, to wówczas zastosowanie ma podstawowa stawka VAT, tj. 23-proc.

Organy podatkowe argumentują, że szpital jako zakład lecznictwa zamkniętego przeznaczony jest do diagnozowania, leczenia i rehabilitacji tych chorych, których stan wymaga całodobowej opieki lekarsko-pielęgniarskiej. Usługi zakwaterowania stanowią jedynie usługę składową, wchodzącą w skład usługi głównej, jaką jest leczenie, diagnozowanie i rehabilitacja. Roboty remontowo-budowlane w budynku szpitala nie korzystają zatem z preferencyjnej stawki opodatkowania (takie stanowisko zajął m.in. dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach w interpretacji z 12 kwietnia 2013 r., sygn. IBPP2/443-43/13/RSz).

Wskazać należy, że minister finansów zaczął zmieniać z urzędu interpretacje indywidualne dotyczące określenia właściwej stawki VAT na usługi budowlane w obiektach ochrony zdrowia. Przykładowo w interpretacji z 15 lutego 2013 r., sygn. PT8/033/29/95/SBA/13/BMI9-306/08/RD-7466 zmieniającej interpretację z 20 maja 2008 r. wskazał, że usługi budowlane wykonywane w sanatorium nie mogą być opodatkowane obniżoną stawką VAT. W ocenie ministra finansów główną funkcją, jaką spełnia sanatorium, nie jest zaspokajanie potrzeb mieszkaniowych pacjentów, tylko ich leczenie. Zmiana przez ministra z urzędu wydanych wcześniej interpretacji może wskazywać na to, że organy podatkowe będą dokładniej przyglądać się stawkom VAT stosowanym w budownictwie.