Od 1 stycznia 2013 r. obowiązują zmienione przepisy rozporządzenia ministra finansów w sprawie określenia terytorialnego zasięgu działania dyrektorów urzędów kontroli skarbowej (Dz.U. z 2012 r., poz. 1416). Przykładowo uprawnienia dyrektora UKS w Warszawie zostały ograniczone do obszaru miasta stołecznego oraz powiatów: legionowskiego, warszawskiego zachodniego, nowodworskiego, grodziskiego, pruszkowskiego, piaseczyńskiego i otwockiego. Pozostałe powiaty województwa mazowieckiego znalazły się pod opieką dyrektorów UKS w Białymstoku, Bydgoszczy, Kielcach, Lublinie, Łodzi i Olsztynie.

W związku z tym pojawiły się wątpliwości, czy np. konieczne będzie umorzenie postępowań kontrolnych prowadzonych w 2012 r. przez dyrektora UKS w Warszawie w stosunku do podatników, którzy od 1 stycznia 2013 r. przestali mu podlegać, bo mieszkają lub mają siedziby np. w Radomiu, Płocku czy Siedlcach. W rozporządzeniu wprowadzającym zmiany nie ma przepisu przejściowego, który pozwalałby dokończyć wszczęte postępowania dotychczasowym organom kontroli.

Radosław Teresiak, doradca podatkowy w kancelarii Wardyński i Wspólnicy, przypomina, że przy zmianie terytorialnego zasięgu działania naczelników urzędów skarbowych i dyrektorów izb skarbowych w 2004 r. były poważne problemy z kontynuacją prowadzonych przez nich spraw. Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach z 13 marca 2009 r. (II FSK 1822/07) oraz z 10 stycznia 2006 r. (FSK 440/05) orzekał, że przy zmianie terytorialnego zakresu działania organów podatkowych nie ma zastosowania tzw. zasada perpetuatio offici. Zgodnie z nią urząd właściwy miejscowo w dniu wszczęcia postępowania pozostaje właściwy aż do dnia jego zakończenia, chociażby w trakcie zmieniły się podstawy właściwości.

Tym razem problemów jednak nie będzie – zgodnie zapewniają eksperci i Ministerstwo Finansów. Nie dojdzie do sytuacji, gdy jedne urzędy kontroli skarbowej będą musiały umarzać prowadzone postępowania, a inne wszczynać nowe wobec przejętych podatników. Przemysław Powierza, doradca podatkowy, partner w KZWS Poland RSM, zwraca uwagę, że w 2010 r. przepisy ustawy o kontroli skarbowej zostały znowelizowane w taki sposób, aby wyeliminować wątpliwości dotyczące właściwości UKS. Obecnie obowiązuje zasada ciągłości właściwości określona w art. 9a ust. 4 ustawy o kontroli skarbowej (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 41, poz. 214 z późn.zm.). – Dotyczy ona m.in. sytuacji, gdy zmienia się zakres terytorialny działania organu podatkowego – wyjaśnia Ireneusz Krawczyk, radca prawny, partner w Kancelarii Ożóg i Wspólnicy.

Także Wiesława Dróżdż, rzecznik prasowy Ministerstwa Finansów, przywołuje art. 9a ust. 4 ustawy o kontroli skarbowej jako przepis regulujący kwestie dotyczące zmiany właściwości miejscowej w trakcie trwania postępowania kontrolnego.