Podmioty zajmujące się produkcją rolniczą mogą korzystać z preferencji, czyli zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych, jeśli spełnią warunki ustawowe. Spory dotyczące takich sytuacji rozstrzygają sądy administracyjne.

Producenci rolni mogą występować o przyznanie dopłat bezpośrednich ze środków unijnych

Jak wynika z art. 17 ust. 1 pkt 48 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.), zwolnione z CIT mogą być pieniądze przekazane beneficjentowi przez agencje rządowe lub agencje wykonawcze. W sytuacji gdy jedna firma przekazuje pieniądze z dopłat innemu przedsiębiorcy, nie będzie zwolnienia z podatku, co potwierdził m.in. w wyroku z 12 marca 2012 r. WSA w Bydgoszczy (sygn. akt I SA/Bd 52/12, nieprawomocny). Wyrok dotyczył sytuacji, gdy firma prowadziła działalność rolniczą i otrzymywała z Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa dopłaty od gruntów rolnych i płatności cukrowej oraz w ramach systemu wsparcia bezpośredniego. Inna firma podpisała z nią umowę dzierżawy gruntów. Dodatkowo właściciel nieruchomości zobowiązał się, że będzie przekazywał dzierżawcy pieniądze otrzymywane z dopłat do gruntów. Dzierżawca domagał się więc zwolnienia tych środków z podatku dochodowego.
Sąd wyjaśnił jednak, że skarżącej nie przysługuje zwolnienie z CIT, ponieważ stroną występującą z wnioskiem do właściwej agencji o dopłaty jest właściciel gruntu. Spółki następnie przekazują sobie pieniądze, a takie przekazanie nie jest zwolnione. Jedna z tych spółek musiałaby być, zgodnie z art. 4 ust. 1 i art. 5 ust. 1 ustawy o płatnościach bezpośrednich do gruntów rolnych (t.j. Dz.U. z 2007 r. nr 35, poz. 217 z późn.zm.), podmiotem uprawnionym do płatności bezpośredniej, płatności uzupełniającej, płatności cukrowej, płatności do pomidorów lub wsparcia specjalnego. Zadania te realizuje Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. A więc tylko środki przyznane i wypłacane przez nią są zwolnione z podatku dochodowego na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT.
Podatnicy otrzymują również dopłaty bezpośrednie. Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 36 tej ustawy dopłaty takie, stosowane w ramach Wspólnej Polityki Rolnej Unii Europejskiej, otrzymane na podstawie odrębnych przepisów są zwolnione z podatku.
Ze zwolnienia nie skorzystają jednak podmioty otrzymujące refundacje wywozowe do cukru, co potwierdził już nawet NSA w wyroku z 8 lutego 2011 r. (sygn. akt II FSK 1779/09). Sąd wyjaśnił, że refundacje wywozowe są instrumentem wspierającym producentów cukru, które mają im zapewnić możliwość uzyskiwania rentownych cen. Nie są to więc dopłaty bezpośrednie, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 36 ustawy o CIT. NSA dodał też, że omawiane dopłaty nie są dochodami pochodzącymi z bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej w rozumieniu art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o CIT. A zatem również na tej podstawie nie mogą być zwolnione z opodatkowania.