Skarżąca spółka stwierdziła, że niedobór w towarach na kwotę 110 tys. zł powstał z winy jej pracownika. Mimo to domagała się prawa do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy zakupie tych towarów. Jej zdaniem nie musi korygować podatku naliczonego.
Organ podatkowy oraz sąd nie zgodziły się jednak ze spółką. Z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) wynika, że nie można odliczyć podatku naliczonego związanego z usługami i towarami, których podatnik nie wykorzystał do czynności opodatkowanych. W efekcie spółka musi skorygować swój podatek naliczony, zgodnie z art. 91 ust. 7d ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem w przypadku zmiany prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony od towarów handlowych lub surowców i materiałów, nabytych z zamiarem wykorzystania ich do czynności, trzeba zrobić korektę podatku naliczonego.

Spółka ponosi winę za powstanie strat, gdy jej pracownik przyczynił się do powstania niedoboru towarów, a spółka nie zgłosiła tego policji

Sąd wskazał, że korekta nie byłaby konieczna, gdyby spółka nie przyczyniła się do powstania niedoborów. WSA powołał art. 185 ust. 2 dyrektywy 112. Zgodnie z nim korekty nie trzeba robić w przypadkach transakcji w całości lub częściowo niezapłaconych, w przypadku należycie udokumentowanego lub potwierdzonego zniszczenia, zagubienia lub kradzieży własności oraz w przypadku towarów przeznaczonych do przekazywania jako prezenty o małej wartości i próbki.
Zdaniem sądu w omawianej sprawie stwierdzonego niedoboru towarów nie można uznać za niezawiniony, tj. powstały z przyczyn niezależnych od spółki. Co prawda spółka twierdziła, że towar ukradł pracownik, na co nie miała wpływu, ale nie zgłosiła tego organom ścigania. Zawarcie z pracownikiem umowy o odpowiedzialności materialnej za powierzone mienie nie umniejsza winy spółki. Ponadto pracownik stwierdził, że towaru nie ukradł, ale wziął na siebie odpowiedzialność, ponieważ to on nadzorował magazyn.
Wyrok jest nieprawomocny.