Postępowanie w sprawie interpretacji indywidualnej jest objęte szczególną procedurą, w której organ podatkowy analizując wniosek o interpretację nie może wykraczać poza te fakty i zdarzenia, które opisał podatnik. Wielokrotnie podkreślał to Naczelny Sąd Administracyjny, m.in. w wyroku z 26 maja 2011 r. (sygn. akt I FSK 769/10, prawomocny).
Sławomir Czyż, doradca podatkowy, zaznacza jednocześnie, że organ podatkowy może jednak i powinien wezwać wnioskodawcę do sprecyzowania lub uzupełnienia stanu faktycznego, jeżeli ten nie przedstawi w sposób wyczerpujący zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego.

Postępowanie w sprawie interpretacji indywidualnej różni się od postępowania podatkowego m.in. tym, że w tym pierwszym nie prowadzi się postępowania dowodowego

Również sądy I instancji rozpatrując skargi podatników na interpretacje nie dokonują własnych ustaleń faktycznych, a jedynie opierają się na tym, co przedstawił podatnik. Taki pogląd przyjął np. WSA w Gdańsku w prawomocnym wyroku z 27 maja 2010 r. (sygn. akt I SA/Gd 213/10).
Zdaniem Sławomira Czyża to, że sądy nie mogą wychodzić poza stan faktyczny zakreślony we wniosku, wynika z ogólniejszej zasady postępowania sądowoadministracyjnego. Reguła ta jest cechą szczególną tego postępowania, istotnie odróżniającą to postępowanie od procesu cywilnego i karnego. Zostało to potwierdzone w uchwale pełnego składu NSA z 26 października 2009 r. (sygn. akt I OPS 10/09).
Z art. 106 par. 3 prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi wynika, że sąd może z urzędu lub na wniosek stron przeprowadzić dowody uzupełniające z dokumentów, jeżeli jest to niezbędne do wyjaśnienia istotnych wątpliwości i nie spowoduje nadmiernego przedłużenia postępowania.
Według Sławomira Czyża, możliwość przeprowadzenia uzupełniających dowodów na podstawie tego przepisu należy odnosić do sytuacji wystąpienia istotnych wątpliwości związanych z oceną, czy zaskarżony akt jest zgodny z prawem, nie zaś do wątpliwości związanych z ustaleniem stanu faktycznego sprawy.
– W żadnym wypadku przepis ten nie uprawnia sądów do tego, aby w postępowaniu o interpretację wykraczać poza stan faktyczny – stwierdza Sławomir Czyż.
Dlatego też powszechną praktyką sądów jest oddalanie wniosków dowodowych w tzw. sprawach interpretacyjnych.
Jednak według Jacka Matarewicza, doradcy podatkowego w KPMG, zasada przyjęta przez sądy jest nieusprawiedliwiona. Przecież sądowa ocena legalności i poprawności merytorycznej wydanej przez organy interpretacji wymaga od sądów również wiedzy techniczno-branżowej (np. związanej ze zrozumieniem technologii produkcji).
– Skąd sąd ma wiedzieć np., jakiego środka użyć, aby proteza dentystyczna była bardziej biała niż kremowa, lub jakich czynności dokonać, żeby zakupione urządzenie medyczne typu tomograf spełniało swoją ekonomiczną funkcję – pyta Jacek Matarewicz.
Okoliczności te mogą mieć przecież wpływ m.in. na zastosowanie obniżonej stawki VAT, zwolnienia czy kwalifikację przychodów i kosztów podatkowych.