Po przeprowadzeniu postępowania kontrolnego urząd kontroli skarbowej może wydać decyzję określającą wysokość zobowiązania w VAT.

Urząd kontroli skarbowej nie musi wszczynać kontroli podatkowej, aby wydać decyzję określającą zobowiązanie podatkowe. Decyzję taką można wydać po przeprowadzeniu postępowania kontrolnego. Jak wyjaśniała sędzia NSA Grażyna Jarasz, w trakcie takiego postępowania, które poprzedza kontrolę podatkową, organ może zbierać materiał dowodowy.

Zdaniem NSA czynności podjęte przez organ kontroli mieściły się w katalogu określonym w dziale IV Ordynacji podatkowej. Zatem dotyczy to postępowania podatkowego, a nie kontroli (te czynności są określone w dziale VI Ordynacji).