Problemy stwarzały i nadal stwarzają niejasne przepisy o nadpłacie – w tym dotyczące wzajemnych relacji między procedurami: nadpłatową i wymiarową. Jest to szczególnie widoczne, gdy w związku ze złożonym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty organ podatkowy poweźmie wątpliwości co do prawidłowego rozliczenia podatku w korekcie.
Niekiedy z ustaleń prowadzonego postępowania wynika, że zobowiązanie podatkowe wykazane w deklaracji przewyższa zobowiązanie faktyczne. Jak w takim przypadku postąpi urząd skarbowy?
Zgodnie z art. 21 par. 3 Ordynacji podatkowej w takiej sytuacji urząd skarbowy po ustaleniu, że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, wydaje decyzję, w której określa wysokość tego zobowiązania.