Organ podatkowy, stwierdzając nadpłatę, ma obowiązek orzec o jej oprocentowaniu bez względu na to, czy podatnik o oprocentowanie się upomniał czy nie.
Podatnicy, którzy występują do urzędu skarbowego o stwierdzenie nadpłaty podatku, często zapominają, że przysługują im również odsetki. Jak wynika z jednego z najnowszych wyroków Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z 26 stycznia 2010 r., organ podatkowy ma obowiązek ustalić oprocentowanie nadpłaty, nawet jeśli podatnik zapomniał upomnieć się o to we wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Sąd orzekł, że w świetle przepisów Ordynacji podatkowej oprocentowanie nadpłaty podatku powstaje z mocy samego prawa, a zatem organ podatkowy, stwierdzając nadpłatę, ma obowiązek orzec o jej oprocentowaniu, i to niezależnie od tego, czy podatnik we wniosku o stwierdzenie nadpłaty zawarł również wniosek o oprocentowanie tej nadpłaty. Zdaniem sądu brak rozstrzygnięcia tej kwestii w decyzji prowadziłby do pozbawienia podatnika możliwości dochodzenia swych praw, czyli otrzymania również odsetek od nadpłaty. WSA rozstrzygnął również, że z technicznego punktu widzenia organ podatkowy może orzec o odsetkach albo w decyzji o stwierdzenie nadpłaty albo w oddzielnej decyzji.
W omawianej sprawie organ podatkowy nie odniósł się do kwestii oprocentowania. Sąd, biorąc to pod uwagę, rozstrzygnął, że w takiej sytuacji organ podatkowy powinien uzupełnić decyzję o rozstrzygnięcie dotyczące kwestii oprocentowania nadpłaty.