Jeżeli VAT ma odliczyć podatnik, który wykonuje czynności opodatkowane i zwolnione z podatku, to zastosowanie ma art. 90 ust. 3 ustawy o VAT, a nie art. 86 ust. 2a – orzekł Naczelny Sąd Administracyjny.
Spór w tej sprawie dotyczył przepisów ustawy o podatku od towarów i usług regulujących kwestię odliczania VAT u podatników, którzy świadczą też inne czynności niż tylko opodatkowane. Jeden z nich (art. 86 ust. 2a) dotyczy ustalania prewspółczynnika; pozwala on ustalić, ile podatku odliczy podatnik, który kupuje towary i usługi na potrzeby działalności gospodarczej oraz do celów innych niż taka działalność.
Drugi natomiast (art. 90 ust. 3) wskazuje, ile podatku można odjąć, gdy podatnik wykonuje czynności opodatkowane i zwolnione z VAT (lub czynności opodatkowane, zwolnione z VAT i niepodlegające opodatkowaniu). Uzależnia to od proporcji sprzedaży, czyli wskaźnika pokazującego, ile rocznego obrotu podatnika przypada na czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do odliczenia VAT.
Chodziło o spółdzielnię mieszkaniową, która wykorzystywała budynek usługowo-mieszkalny do celów mieszanych. Część budynku – konkretnie 64,33 proc. – służyła jej do czynności opodatkowanych (wynajem lokali użytkowych), reszta do czynności zwolnionych z VAT (sprzedaż lokali mieszkalnych). Wątpliwości dotyczyły tego, jak postąpić z VAT naliczonym w związku z termomodernizacją obiektu. Na dodatek spółdzielnia zamierzała ubiegać się o dofinansowanie z urzędu marszałkowskiego i musiała wskazać wysokość wydatków podlegających dofinansowaniu oraz kosztów kwalifikowanych – zwolnionych od podatku.
Sądziła, że wolno jej będzie odliczyć VAT według kryterium powierzchni. Chciała więc odliczyć 64,33 proc. podatku naliczonego, wynikającego z faktur za modernizację – dokładnie tyle, ile stanowiła powierzchnia przeznaczona na opodatkowany najem. Uważała bowiem, że zastosowanie znajdzie w tym przypadku art. 86 ust. 2a ustawy o VAT dotyczący ustalania prewspółczynnika.
Na takie rozwiązanie nie zgodził się dyrektor izby skarbowej. Stwierdził, że w przypadku podatników, którzy wykonują czynności opodatkowane i zwolnione trzeba stosować art. 90 ust. 3 ustawy o VAT, a jedynym dopuszczalnym przez ustawodawcę kryterium obliczania proporcji jest udział w obrocie. Fiskus nie wykluczył więc możliwości odliczenia części VAT przez spółdzielnię, ale wyłączył możliwość zastosowania kryterium udziału powierzchniowego.
Rację spółdzielni przyznał WSA w Olsztynie. Sąd uznał, że zastosowanie ma art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, możliwe jest więc kryterium wykorzystanej powierzchni (art. 86 ust. 2c).
Inaczej orzekł Naczelny Sąd Administracyjny. Sędzia Ewa Rojek wyjaśniła, że zgodnie z wnioskiem o interpretację i opisanym w nim stanem faktycznym, chodziło o prawo do odliczenia podatku naliczonego w związku z czynnościami, dla których przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego i takimi, w związku z którymi to prawo nie przysługuje (ze względu na zwolnienie z podatku).
– Taką sytuację obrazuje wskazany przez organ art. 90 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT, który nakazuje wyliczyć proporcję na podstawie rocznego obrotu – powiedziała sędzia.
Dodała, że WSA skoncentrował się na innej sytuacji faktycznej – gdy usługi są wykorzystywane do czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do odliczenia VAT, i czynności, które znajdują się w ogóle poza zakresem ustawy VAT.
– Rzeczywiście w tym drugim przypadku można byłoby wykorzystać metodę powierzchniową – powiedziała sędzia Rojek.

orzecznictwo

Wyrok NSA z 25 czerwca 2019 r., sygn. akt I FSK 933/17. www.serwisy.gazetaprawna.pl/orzeczenia