Przypomnijmy, że od 1 lutego 2026 r. wystawianie faktur przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) stanie się obowiązkowe dla największych podatników VAT, a dwa miesiące później dla większości. Nowy system ma uszczelnić rozliczenia VAT i uprościć procesy raportowania, ale jego wdrożenie rodzi również wiele pytań. Dotyczą one zwłaszcza konsekwencji wystawiania faktur poza KSeF, zarówno z perspektywy sprzedawcy (prawidłowość dokumentowania transakcji,) jak i nabywcy (prawo do odliczenia VAT).

Kiedy faktura będzie wystawiona poza KSeF

Po pierwsze, nie wszystkie faktury będą musiały być wystawiane w KSeF. Jest grupa podmiotów, które będą mogły, ale nie będą miały takiego obowiązku, np. podatnicy zagraniczni zarejestrowani w Polsce, lecz niemający tu stałego miejsca prowadzenia działalności. Jeżeli taki podmiot wystawi fakturę poza KSeF, to będzie to w pełni dopuszczalne i nie będzie rodzić żadnych negatywnych skutków dla nabywcy ani dla wystawcy. Podobnie, gdy podatnik zobowiązany do korzystania z KSeF nie użyje go przy wystawianiu faktur, które są przedmiotowo wyłączone z systemu, np. na rzecz konsumentów.

Po drugie, dopuszczalne będzie wystawianie faktur poza KSeF w czasie awarii systemu. Podatnik będzie mógł wówczas wystawić fakturę w postaci elektronicznej, pod warunkiem że będzie ona zgodna ze wzorem faktury ustrukturyzowanej i zostanie przesłana do KSeF po ustaniu awarii. Brak takiego dosłania lub wystawienie faktury niezgodnie ze wzorem może skutkować sankcjami dla sprzedawcy, natomiast sytuacja nabywcy pozostanie bezpieczna, ponieważ taką fakturę uznaje się za otrzymaną w dacie jej faktycznego otrzymania.

Poza KSeF, ale bez uzasadnienia

Inaczej będzie natomiast, gdy faktura zostanie wystawiona poza KSeF bez uzasadnienia. Wówczas sprzedawca narazi się na sankcje, natomiast nabywca może mieć wątpliwości, czy taki dokument w ogóle stanowi fakturę w rozumieniu przepisów, czy został skutecznie otrzymany i w jakiej dacie. Podobne problemy pojawiają się przy fakturach wystawionych w trybie offline 24, jeśli nie zostaną one dosłane do KSeF w wymaganym terminie. W tym przypadku również sprzedawca ponosi ryzyko sankcji, a nabywca musi mieć świadomość, że fakturę uważa się za otrzymaną w momencie nadania jej numeru KSeF.

Sankcje od 2027 r.

Zgodnie z art. 106ni ustawy o VAT, za brak wystawienia faktury w KSeF, wystawienie jej niezgodnie ze wzorem lub niedostarczenie jej do systemu w terminie, naczelnik urzędu skarbowego może nałożyć karę pieniężną do 100 proc,. kwoty VAT wykazanej na fakturze, a w przypadku faktur bez VAT – do 18,7 proc. wartości brutto.

Sankcje te mają charakter administracyjny, a sprzedawcy będzie przysługiwało prawo do odwołania. Będą one stosowane dopiero od 1 stycznia 2027 r., co oznacza, że przedsiębiorcy zyskają niemal rok na dopracowanie procesów i testowanie systemu bez ryzyka kar.

Warto też podkreślić, że w przypadku nieprawidłowości skutkujących możliwością nałożenia przedmiotowych sankcji, nie wszczyna się postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe. Tak wynika z art. 106ni ust. 4 ustawy o VAT, który wchodzi w życie już 1 lutego 2026 r.

A co z prawem do odliczenia podatku naliczonego?

Brak sankcji w pierwszym roku stosowania KSeF nie rozwiewa jednak wątpliwości nabywców. W początkowym okresie można się spodziewać, że sytuacje, w których faktury nie będą wystawiane w KSeF, będą relatywnie częste. Można też łatwo wyobrazić sobie przypadki, w których kontrahenci wystawiają w KSeF faktury podstawowe, ale faktury korygujące nadal - z przyczyn technicznych lub organizacyjnych - będą wystawiane poza systemem.

Na gruncie polskiego prawa formalnie oznacza to brak prawa do odliczenia VAT. Jednak w świetle przepisów unijnych, w szczególności dyrektywy VAT i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości UE (m.in. w sprawach C-280/10 Polski Trawertyn oraz C-368/09 Pannon Gép Centrum), prawo do odliczenia VAT przysługuje, jeżeli nabywca faktycznie otrzymał towar lub usługę i można ustalić wysokość podatku.

To oznacza, że nawet jeśli faktura formalnie nie spełnia wymogów KSeF, nabywca może mieć prawo do odliczenia VAT, o ile transakcja rzeczywiście miała miejsce i nie doszło do nadużycia. Potwierdzają to również polskie organy podatkowe, czego przykładem jest interpretacja indywidualna z 29 października 2025 r. (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.739.2025.1.AMA). Dyrektor KIS wyjaśnił w niej, że podatnik zachowuje prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktur wystawionych poza KSeF, jeśli spełnione są pozostałe warunki materialne.

Gdzie mogą być ryzyka

Dla bezpieczeństwa, warto zadbać o zachowanie zwyczajowych metod weryfikacji prawidłowości rozliczenia transakcji i samego kontrahenta (należyta staranność).

Z kolei dla sprzedawcy wystawianie faktur w KSeF wiąże się z obowiązkiem ujmowania numeru KSeF w plikach raportowych JPK_V7M i JPK_CIT. Brak tego numeru w przypadku faktury wystawionej w KSeF będzie błędem technicznym, natomiast brak numeru dla faktury wystawionej nieprawidłowo poza systemem może zostać potraktowany jako błąd formalny lub niedopełnienie obowiązków ewidencyjnych.

Dodatkowym źródłem ryzyka jest sytuacja, w której sprzedawca wystawi fakturę prawidłowo w KSeF, a następnie prześle jej wizualizację innym kanałem, w formacie PDF . W takim przypadku należy pamiętać, że wizualizacja może zawierać dane różniące się od tych w fakturze ustrukturyzowanej, dlatego zawsze warto je zweryfikować. W razie rozbieżności należy pamiętać, że wiążące są dane z faktury w KSeF. Nabywca powinien również upewnić się, że faktura z KSeF i jej wizualizacja nie zostaną równolegle przeprocesowane dla celow księgowych, aby uniknąć ryzyka podwójnego księgowania lub zapłaty.

Można też wyobrazić sobie sytuacje, w których nabywca nie akceptuje faktur wystawianych na jego rzecz z pominięciem KSeF lub wiąże się to dla sprzedawcy z dodatkowymi kosztami. Możliwe są również przypadki, gdy wdrożony przez nabywcę system odbierania faktur w ogóle nie będzie pozwalał na przesłanie dokumentów bez prawidłowego numeru KSeF.

Dlatego zdecydowanie warto pozostawać w zgodzie z wymogami i wystawiać faktury prawidłowo, a brak sankcji w pierwszym roku traktować raczej jako zabezpieczenie na wypadek sytuacji awaryjnych lub rozwiązanie dla bardziej specyficznych typów dokumentów, dla których sprzedawca nie zdąży dostosować całego procesu do wymogów KSeF.