Po nowelizacji, podstawową formą kontrolowania rozliczeń podatkowych stała się kontrola celno-skarbowa. Może być ona przeprowadzona wobec każdego podmiotu, który ma obowiązek przestrzegania przepisów prawa podatkowego. Naczelnik danego urzędu celno-skarbowego obejmuje swoją właściwością obszar całej Polski, co oznacza, że np. podatnik z Warszawy może być kontrolowany przez urząd celno-skarbowy z Poznania. Miejscem prowadzenia kontroli może być siedziba urzędu celno-skarbowego lub siedziba kontrolowanego, względnie – miejsce prowadzenia lub przechowywania ksiąg podatkowych, ale także każde inne miejsce związane z prowadzoną działalnością, w tym lokal mieszkalny lub inne miejsca, w których mogą się znajdować urządzenia, towary lub dokumenty podlegające kontroli. Novum stanowi fakt, że organ podatkowy nie ma już obowiązku zawiadamiać podatnika z wyprzedzeniem o zamiarze przeprowadzenia kontroli.
Nowa ustawa stanowi, że datą wszczęcia kontroli jest dzień doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. W przypadku gdy organ podejrzewa, że nie są przestrzegane przepisy, a okoliczności uzasadniają przeprowadzenie kontroli, może ona zostać wszczęta wyłącznie na podstawie okazanej legitymacji służbowej. Należy jednak podkreślić, że pomimo możliwości wszczęcia kontroli bez zapowiedzi, podatnikowi przysługuje uprawnienie do skorygowania deklaracji w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Zmianie uległ także czas przeprowadzenia kontroli. Zgodnie z nowymi przepisami, kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Kontrola może zostać przedłużona o dalszy okres, jednakże dopiero po pisemnym wskazaniu kontrolowanemu przyczyn przedłużenia i nowego terminu zakończenia.
Największe kontrowersje związane z reformą Krajowej Administracji Skarbowej koncentrują się jednak wokół uprawnień organów kontrolujących. Kontrolujący nie tylko utrzymali dotychczasowe uprawnienia, tj. prawo żądania udostępniania akt, ksiąg i wszelkiego rodzaju dokumentów związanych z przedmiotem kontroli czy też prawo do wstępu, przebywania i poruszania się na gruncie oraz w budynku lub lokalu kontrolowanego, ale przede wszystkim zyskali szereg nowych przywilejów. Co do zasady, od marca 2017 r., kontrolujący może dokonać przeszukania lokali mieszkalnych dopiero po uzyskaniu zgody właściwego prokuratora rejonowego. Jednakże w przypadkach niecierpiących zwłoki, przeszukanie może nastąpić bez uprzedniej zgody. Jeżeli jednak organ nie uzyska od prokuratora następczego zatwierdzenia przeszukania, to materiały i informacje zebrane w toku czynności nie będą mogły stanowić dowodu w postępowaniu. Ponadto organy zyskały możliwość przeszukania lokali z użyciem urządzeń technicznych i psów służbowych, prawo do kontroli przesyłek pocztowych, czy też prawo do zatrzymywania i kontrolowania pojazdów oraz statków. W celu usprawnienia prowadzonego postępowania, wprowadzono także możliwość przesłuchiwania świadków przy użyciu urządzeń technicznych umożliwiających przeprowadzenie przesłuchania na odległość, z jednoczesnym bezpośrednim przekazem obrazu i dźwięku. Warto się zastanowić nad absurdalną możliwością, a przede wszystkim konsekwencjami stosowania niektórych z wymienionych wyżej środków podczas kontroli spokojnie działającej firmy.
Na szczególną uwagę zasługuje także nowe uprawnienie w postaci rozpoznawania, wykrywania i zwalczania określonych w ustawie przestępstw i wykroczeń. Po reformie organy podatkowe mogą samodzielnie prowadzić postępowania w sprawach o przestępstwa powszechne (np. udział w zorganizowanej grupie przestępczej, używanie dokumentów poświadczających nieprawdę czy też oszustwo), gdy pozostają one w integralnym związku z przestępstwami skarbowymi. Funkcjonariusze w toku podejmowanych czynności operacyjno-rozpoznawczych mogą m.in. obserwować i rejestrować przy użyciu środków technicznych obraz i dźwięk zdarzeń lub też dokonywać zakupów kontrolowanych. Organy skarbowe odzyskały także uprawnienia w zakresie podatku akcyzowego.
Kontrolę celno-skarbową kończy doręczenie kontrolowanemu wyniku kontroli, który zawiera informację o stwierdzonych nieprawidłowościach lub ich braku. Podatnikowi nie przysługuje prawo złożenia zastrzeżeń do wyniku kontroli. W miejsce zastrzeżeń, kontrolowany może natomiast złożyć korektę rozliczenia podatkowego zgodnie z wynikiem kontroli w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia. Brak skorygowania deklaracji, bądź też nieuwzględnienie jej przez organ, otwiera drogę do przekształcenia zakończonej kontroli w postępowanie podatkowe. W rezultacie, właściwy do przeprowadzenia postępowania podatkowego naczelnik urzędu celno-skarbowego wyda decyzję, od której będzie przysługiwało odwołanie do tego samego naczelnika. W konsekwencji, odwołanie rozpatruje ten sam organ, który wydał pierwotną decyzję, co jednak z punktu widzenia podatnika jest dość korzystane, spowoduje to bowiem przyspieszenie możliwości wniesienia skargi do sądu administracyjnego.
Analiza nowych unormowań pozwala wysnuć wniosek, że zreformowana Krajowa Administracja Skarbowa będzie koncentrować się na działaniach w odniesieniu do nieuczciwych podatników, a dzięki nowym narzędziom, niewątpliwie będzie czynić to szybciej i skuteczniej. Obawy budzi jednak to, czy na nowej, skuteczniejszej administracji nie ucierpią uczciwi podatnicy.