Trzecia część komentarza omawia przede wszystkim regulacje rozdziału 5 działu V ustawy o KAS (art. 113–143), które dotyczą szczególnych uprawnień KAS oraz funkcjonariuszy Służby Celno-Skarbowej.
Regulacje te mają fundamentalne znaczenie dla podatników, gdyż umożliwiają prowadzenie przez funkcjonariuszy KAS czynności operacyjno-rozpoznawczych, w tym również kontroli operacyjnej. Działania te z istoty swojej mają charakter niejawny, a zatem stanowią ważny instrument potencjalnej ingerencji w prawa i wolności obywatelskie. Obecnie obowiązujące przepisy wprowadzone zostały na wzór dotychczasowych uprawnień wywiadu skarbowego, określonych nieobowiązującymi już przepisami ustawy o kontroli skarbowej. Natomiast część szczególnych uprawnień funkcjonariuszy KAS została określona na wzór szczególnych uprawnień dotychczasowej Służby Celnej. Ponieważ uprawnienia wywiadu skarbowego oraz Służby Celnej w określonych obszarach pokrywały się, ustawa o KAS ujednoliciła te obszary w ramach łącznych kompetencji przyznanych funkcjonariuszom KAS.