Zgodnie z art. 30a ust. 1 pkt 10 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, od dochodu oszczędzającego na indywidualnym koncie emerytalnym z tytułu zwrotu środków zgromadzonych na tym koncie należy zapłacić 19-proc. podatek od dochodu. Dochodem jest różnica między kwotą stanowiącą wartość środków zgromadzonych na indywidualnym koncie emerytalnym a sumą wpłat na indywidualne konto emerytalne. Dochodu tego nie pomniejsza się o straty z kapitałów pieniężnych i praw majątkowych poniesionych w roku podatkowym oraz w latach poprzednich. Dochodem jest więc tylko zysk (o ile taki wystąpi).

Jeśli okaże się jednak, że w trakcie oszczędzania lokowaliśmy pieniądze na więcej niż jednym IKE, zapłacimy podatek w wysokości 75 proc. dochodu. I to od obu (lub więcej) IKE, a nie tylko od nadwyżki ponad jedno IKE. Stanie się tak także wtedy, gdy dotrzymamy warunków umowy, a więc środki z IKE będą miały charakter wypłaty, a nie zwrotu. Oznacza to, że utracimy prawo do zwolnienia, a ponadto objęci zostaniemy podatkiem sankcyjnym. Wynika to z art. 30 ust. 1 pkt 7a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Z tytułu gromadzenia oszczędności na więcej niż jednym IKE należy zapłacić podatek zryczałtowany w wysokości 75 proc. dochodu na każdym indywidualnym koncie emerytalnym.

Także w tym przypadku dochodem jest różnica między wartością środków zgromadzonych na indywidualnym koncie emerytalnym a sumą wpłat na indywidualne konto emerytalne. Dochodu tego nie pomniejsza się o straty z kapitałów pieniężnych i praw majątkowych poniesionych w roku podatkowym oraz w latach poprzednich. Jeśli więc dochód nie wystąpi (nie osiągniemy żadnych zysków z ulokowanego kapitału), podatek nie wystąpi, a instytucje finansowe prowadzące IKE zwrócą nam sumę wniesionych oszczędności, ewentualnie pomniejszoną o należne jej opłaty umowne.