Zobowiązanie podatkowe zgodnie z art. 70 par. 1 Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749 z późn. zm.) ulega przedawnieniu z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W przypadku PCC, jeżeli podatek ten pobiera notariusz (np. przy zmianie umowy spółki czy nabyciu nieruchomości), termin na zapłatę przez niego podatku do urzędu skarbowego upływa po siedmiu dniach od końca miesiąca, w którym go pobrał. Oznacza to, że termin płatności PCC pobranego w grudniu upływa 7 stycznia następnego roku. Zobowiązanie podatkowe z tytułu takich transakcji przedawnia się więc rok później niż zobowiązanie podatkowe z tytułu transakcji dokonanych przed 1 grudnia.

Przenosząc powyższe na obecną sytuację – do 31 grudnia 2012 r. (czyli do końca tego miesiąca) podatnik wciąż ma jeszcze możliwość wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty podatku pobranego przez płatnika z tytułu transakcji dokonanych w grudniu 2006 r. Dotyczy to nie tylko PCC, ale też podatku u źródła pobranego np. z tytułu opłat licencyjnych za używanie lub dystrybucję programów komputerowych.

Ma to szczególnie istotne znaczenie w świetle wydanej ostatnio uchwały 7 sędziów NSA (sygn. akt II FPS 1/12). Zgodnie z nią PCC zapłacony z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego poprzez wniesienie aportu (zwolnionego z VAT) był w stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r. pobierany nienależnie. Podatnicy, którzy podwyższali kapitał zakładowy w grudniu 2006 r. albo ponieśli ciężar podatku u źródła do listopada 2007 r., mogą jeszcze wystąpić do urzędu skarbowego o zwrot nienależnie zapłaconego podatku. Termin złożenia wniosku o zwrot nadpłaty upłynie jednak z końcem bieżącego roku. Jest to więc ostatni dzwonek, aby skorzystać z interpretacji prawa zaprezentowanej przez sędziów w przytoczonej uchwale.